Patogeneza: Większość gatunków nie jest znaczącymi patogenami i wywołuje niewiele lub nie wywołuje żadnych chorób. Niektóre gatunki, jednakże, są wysoce patogenne i powodują kataralne lub krwotoczne zapalenie jelit poprzez ciężką erozję błon śluzowych w wyniku lizy komórek, co prowadzi do obfitej, wodnistej lub krwawej biegunki. Choroba kliniczna ujawnia się zazwyczaj dopiero po skumulowanym uszkodzeniu tkanek związanym ze schizogonią drugiego lub trzeciego pokolenia. U zwierząt średnio dotkniętych chorobą mogą wystąpić postępujące objawy, takie jak słaby przyrost masy ciała lub utrata masy ciała, osłabienie i wycieńczenie, natomiast osobniki ciężko dotknięte chorobą mogą umrzeć wkrótce po jej wystąpieniu. Patogeniczność zależy od wielu czynników, takich jak gatunek pasożyta, żywotność, zakaźność, wirulencja, tropizm, wiek żywiciela, stan odżywienia, kompetencje immunologiczne, jak również panujące warunki środowiskowe (temperatura, wilgotność) oraz praktyki hodowlane. Młode zwierzęta są najbardziej podatne na wystąpienie choroby klinicznej, chociaż u zwierząt, które przeżyły, rozwija się silna swoista odporność ochronna przeciwko kolejnym zakażeniom i chorobom.

Sposób przenoszenia: Oocysty wydalane z kałem żywiciela zanieczyszczają środowisko zewnętrzne, ale muszą przejść wewnętrzną sporulację (tworzenie sporozoitów) zanim staną się zakaźne. Nowi żywiciele zarażają się po spożyciu sporulowanych oocyst zanieczyszczających żywność lub wodę (transmisja fekalno-oralna). Po spożyciu, oocysty i sporocysty ekscystują w jelitach uwalniając zawarte w nich sporozoity, które wnikają do komórek żywiciela rozpoczynając merogonię. Bodźce do ekscystacji obejmują odpowiednie warunki fizyko-chemiczne po spożyciu, takie jak poziom tlenu, pH, sole żółci, enzymy trzustkowe, itp.

Diagnoza różnicowa: Objawy kliniczne zwykle pokrywają się z okresem drożności pasożyta (okres patentowy = okres, w którym wytwarzane są oocysty). Zarażenie jest zazwyczaj rozpoznawane na podstawie koprologicznego badania kału żywiciela na obecność oocyst kokcydiów (zagęszczonych przy użyciu różnych technik sedymentacyjno-flotacyjnych). Niewybarwione oocysty najlepiej jest obserwować pod mikroskopem świetlnym z wykorzystaniem nieoptymalnego oświetlenia przechodzącego (kondensor zwinięty w dół, aby wprowadzić dyfrakcję), optyki z kontrastem fazowym lub interferencyjnym. Świeże próbki kału mogą zawierać jedynie niezarodnikujące oocysty, tak więc specyficzna diagnostyka różnicowa może czasami wymagać krótkotrwałego przechowywania w celu ułatwienia sporulacji (2% dichromian potasu jest często stosowany do tłumienia mikroflory podczas przechowywania, ale nie w przypadku gatunków ryb, a chłodzenie może spowolnić proces, jeśli jest to wymagane w przypadku próbek pobranych w terenie). Naukowcy wykorzystali ostatnio szereg technik molekularnych w celu scharakteryzowania zmienności genetycznej pomiędzy i w obrębie gatunków pasożytów, ale niewiele technik nadaje się do rutynowego stosowania diagnostycznego.

Leczenie i kontrola: Postęp choroby jest zwykle tak szybki, że jakiekolwiek leczenie terapeutyczne (lecznicze) może być po prostu zbyt późne. Z tego powodu w wielu gałęziach intensywnej hodowli zwierząt do leczenia profilaktycznego (zapobiegawczego) często stosuje się ciągłe podawanie leków w pożywieniu lub w wodzie. Dostępna jest szeroka gama leków, w tym leki o działaniu kokcydiostatycznym (odwracalne działanie hamujące) lub kokcydiobójczym (nieodwracalne działanie śmiertelne). Do głównych grup leków należą sulfonamidy (sulfanilamid, trimetoprim, etopabat), pirydinole (klopidol, dekokwinat), nitrobenzamidy (zoalen), arseny organiczne (roksarson), nitrofurany (furazolidon, amprolium), chinazolinony (halofuginon), polieterowe antybiotyki jonoforowe (monenzyna, laslocid, salinomycyna, narazyna), triazyny asymetryczne (diklazuril) i symetryczne (toltrazuril). Niestety, pojawiają się coraz większe problemy związane z lekoopornością wielu gatunków kokcydiów, zwłaszcza na leki syntetyczne, która ma tendencję do utrzymywania się w populacjach pasożytów. Wiele branż zaleca okresową rotację pomiędzy różnymi grupami leków oraz stosowanie leków łączonych (koktajli) w celu zminimalizowania występowania oporności. Większość zarażeń kokcydiami stymuluje rozwój silnych ochronnych reakcji immunologicznych, aczkolwiek są one przejściowe, o ile nie mają charakteru prewencyjnego (krótkotrwałe, o ile pasożyty nie utrzymują się). Odnotowano znaczne sukcesy w zwalczaniu poprzez immunoprofilaktykę z wykorzystaniem atenuowanych lub przedwczesnych szczepów pasożytów, w szczególności w przemyśle drobiarskim. Naukowcy podejmują obecnie próby opracowania rekombinowanych szczepionek subkomórkowych. Ogniska choroby mogą być generalnie kontrolowane poprzez praktyki zarządzania oparte na poprawie higieny, ograniczeniu stłoczenia, usuwaniu skażonej ściółki oraz izolowaniu zarażonych osobników. Chemiczna dezynfekcja jest zazwyczaj niepraktyczna, ponieważ oocysty są odporne na wiele konwencjonalnych środków dezynfekcyjnych.

.