Czaszki kilku podklas i rzędów różnią się w sposób opisany poniżej. Oprócz różnic w otworach na bokach czaszki oraz w ogólnym kształcie i rozmiarze, najbardziej znaczącymi różnicami w czaszkach gadów są te, które wpływają na ruchy w obrębie czaszki.

Jako grupa, czaszki gadów różnią się od czaszek wczesnych płazów. Gadom brakuje wcięcia otchłaniowego (wgłębienia w tylnej części czaszki) i kilku małych kości w tylnej części dachu czaszki. Czaszki współczesnych gadów różnią się od czaszek ssaków pod wieloma względami, ale najwyraźniejsze różnice występują w obrębie szczęki dolnej i przyległych okolic. Gady mają szereg kości w szczęce dolnej, z których tylko jedna, zębodół, nosi zęby. Za zębodołem znajduje się mała kość, stawowa, która tworzy połączenie z kością czworoboczną w pobliżu tylnej części czaszki. W przeciwieństwie do tego, dolna szczęka ssaka składa się z jednej kości – zębodołu; kość stawowa i czworoboczna stały się częścią łańcucha małych kości w uchu środkowym. Prawie całkowite przejście między tymi dwoma bardzo różnymi układami znane jest ze skamieniałości wczesnych synapsydów (rząd Therapsida).

Zęby większości gadów wykazują niewielką specjalizację w danym rzędzie zębów. Uzębienie, które dzieli grupy zębów na charakterystyczne bladopodobne siekacze, kły przypominające kły i płasko zakończone trzonowce występuje u ssaków, ale nie występuje u gadów. Zamiast tego, cały rząd zębów składa się zwykle z długich stożkowatych zębów. Jadowite węże mają jeden lub kilka wydrążonych lub wyżłobionych kłów, ale mają one taki sam kształt jak większość zębów węży. Główne różnice między gatunkami polegają na liczbie, długości i pozycji zębów. Krokodyle wśród form żyjących i dinozaury wśród form wymarłych mają tylko jeden górny i jeden dolny rząd zębów. Węże i wiele wymarłych grup gadów ma zęby na kościach podniebiennych (vomer, palatine, pterygoid) i na kościach górnej szczęki (premaxilla, maxilla). Jednak na dolnej szczęce występuje tylko jeden rząd zębów.

Jaszczurki mają stożkowate lub bladolancetowate zęby dwu- lub trójdzielne. Niektóre gatunki mają stożkowe zęby z przodu szczęk i cuspid zęby w kierunku tyłu, ale te ostatnie nie są porównywalne do zębów trzonowych ssaków w formie lub funkcji. (Nie są one ani płasko zakończone, ani nie służą do rozdrabniania pokarmu.) Żółwie, z wyjątkiem najwcześniej wymarłych gatunków, nie mają zębów. Zamiast tego mają górne i dolne płytki rogowe, które służą do odgryzania kawałków jedzenia.

Zęby gadów są również mniej wyspecjalizowane w funkcji niż zęby ssaków. Większe mięsożerne gady są wyposażone tylko oderwać lub ugryźć duże kawałki ich ofiary i połknąć je bez żucia. Owadożerne jaszczurki, które stanowią większość wszystkich jaszczurek, zwykle rozbijają egzoszkielet owadziej ofiary, a następnie połykają ją bez rozdrabniania. Węże po prostu połykają swoje ofiary w całości bez żadnej mechanicznej redukcji, chociaż rany kłute pozwalają enzymom trawiennym dostać się do ofiary, aby wspomóc trawienie.

Wiele gadów rozwinęło stawy (oprócz zawiasu dla dolnej szczęki) w obrębie czaszki, które pozwalają na niewielki ruch jednej części w stosunku do innych. Zdolność do takich ruchów w obrębie czaszki, zwana kinezyką, umożliwia zwierzęciu zwiększenie rozwarcia pyska, a tym samym jest przystosowaniem do połykania dużych przedmiotów. Najwyraźniej niektóre z dużych mięsożernych dinozaurów teropodów (np. Allosaurus) miały połączenie między kośćmi czołową i ciemieniową w dachu czaszki. Wszystkie gady z nadrzędu Lepidosauria (jaszczurki, węże i tuatary) mają czaszki kinetyczne, ale różnią się od dinozaurów tym, że staw na dnie czaszki występuje u lepidozaurów na styku kości czołowej i ciemieniowej.

Czaszki lepidozaurów stawały się coraz bardziej kinetyczne w miarę ewolucji nowych grup. Sphenodontia (do których należą żyjące tuatary) i ich przodkowie, Rhynchocephalia, miały tylko staw podstawno-nosowy i ptergoidalny. Jaszczurki utraciły dolną listwę skroniową, uwalniając w ten sposób kość czworoboczną i umożliwiając większy zakres ruchu dolnej szczęki, która jest połączona przegubowo z czworoboczną. Wreszcie, u węży, trend ten kulminuje w najbardziej kinetycznej czaszce wśród kręgowców. Czaszki węży posiadają staw fenoidalno-pterygoidalny, wysoce ruchomy czworobok (który daje jeszcze większą ruchomość szczęce dolnej) oraz szczęki górne zdolne do obrotu na osi podłużnej i ruchu zarówno do przodu, jak i do tyłu. Wiele gatunków węży posiada również zawias na dachu czaszki pomiędzy kośćmi nosową i czołową, który umożliwia lekkie uniesienie pyska. Krótko mówiąc, jedyną częścią czaszki węża niezdolną do ruchu jest mózgoczaszka.

.