Pomimo braku opadów, naturalna roślinność Egiptu jest zróżnicowana. Znaczna część Pustyni Zachodniej jest całkowicie pozbawiona jakiejkolwiek roślinności, ale tam, gdzie istnieje jakaś forma wody, można znaleźć zwykły pustynny wzrost bylin i traw; pas nadbrzeżny ma bogatą roślinność na wiosnę. Pustynia Wschodnia otrzymuje skąpe opady deszczu, ale utrzymuje zróżnicowaną roślinność, w skład której wchodzą tamaryszek, akacja i markh (bezlistne, bezkolcowe drzewo z nagimi gałęziami i smukłymi gałązkami), a także wielka różnorodność kolczastych krzewów, małych sukulentów i aromatycznych ziół. Wzrost ten jest jeszcze bardziej uderzający w wadis Wzgórz Morza Czerwonego i Synaju oraz w górach Elba na południowym wschodzie.

Nil oraz kanały irygacyjne i rowy wspierają wiele odmian roślin wodnych; lotos starożytności można znaleźć w kanałach odwadniających w delcie. Istnieje ponad 100 rodzajów traw, wśród nich bambus i esparto (ḥalfāʾ), szorstka, długa trawa rosnąca w pobliżu wody. Mocne wieloletnie trzciny, takie jak trzcina hiszpańska i trzcina pospolita, są szeroko rozpowszechnione w Dolnym Egipcie, ale papirus, uprawiany w starożytności, jest obecnie spotykany tylko w ogrodach botanicznych.

Palma daktylowa, zarówno uprawiana, jak i subspontaniczna, występuje w całej delcie, w dolinie Nilu i w oazach. Palma doum (Hyphaene thebaica; afrykańska palma wachlarzowa) jest utożsamiana przede wszystkim z Górnym Egiptem (południowa część doliny Nilu) i oazami, choć w innych miejscach występują rozproszone egzemplarze.

Niewiele jest drzew rodzimych. Jałowiec fenicki jest jedynym rodzimym drzewem iglastym, choć istnieje kilka uprawianych gatunków drzew iglastych. Akacja jest szeroko rozpowszechniona, podobnie jak eukaliptus i jawor. Kilka gatunków z rodzaju Casuarina (z rzędu beefwood), sprowadzonych w XIX wieku, jest obecnie najważniejszymi drzewami drzewnymi w kraju. Inne zagraniczne importy, takie jak jacaranda, poinciana królewska (drzewo o pomarańczowych lub szkarłatnych kwiatach) i lebbek (Albizia lebbek; drzewo strączkowe), stały się charakterystyczną cechą egipskiego krajobrazu.

Domowe zwierzęta to bawoły, wielbłądy, osły, owce i kozy, z których ostatnie są szczególnie widoczne na egipskiej wsi. Zwierzęta, które są tak widoczne na starożytnych egipskich fryzach – hipopotamy, żyrafy i strusie – już nie istnieją w Egipcie; krokodyle można znaleźć tylko na południe od Wysokiej Tamy Aswān. Największym dzikim zwierzęciem jest aoudad (rodzaj brodatej owcy), która przetrwała w południowych ostępach Pustyni Zachodniej. Inne zwierzęta pustynne to gazela Dorcas, fennec (mały lis żyjący na pustyni), ibex nubijski, zając egipski i dwa rodzaje jerboa (gryzoń przypominający myszoskoczka z długimi tylnymi nogami do skakania). Szakal egipski (Canis lupaster) nadal istnieje, a hieraks występuje w górach Synaj. Istnieją dwa ssaki mięsożerne: kot Caffre, mały drapieżnik z rodziny kotowatych, oraz ichneumon, czyli mangusta egipska. Występuje kilka odmian jaszczurek, w tym duży monitor. Jadowite węże obejmują więcej niż jeden gatunek żmii; żmija plamista występuje w całej dolinie Nilu, a kobra egipska (Naje haje) na terenach rolniczych. Skorpiony są powszechne w regionach pustynnych. Występują liczne gatunki gryzoni. Można znaleźć wiele odmian owadów, w tym szarańczę.

Egipt jest bogaty w życie ptaków. Wiele ptaków przelatuje tu w dużych ilościach podczas wiosennych i jesiennych wędrówek; w sumie można tu zobaczyć ponad 200 gatunków wędrownych oraz ponad 150 ptaków rezydentów. Dobrze znanym mieszkańcem jest wrona kapturowa, a wzdłuż doliny Nilu i w Al-Fayyūm charakterystyczna jest kania czarna. Wśród ptaków drapieżnych są sokół płomykówka i pustułka. Na Pustyni Wschodniej i Półwyspie Synaj żyją lammergeiery i orły przednie. Nie ma już świętego ibisa (długodziobego ptaka brodzącego związanego ze starożytnym Egiptem), ale w dolinie Nilu i w Al-Fayyūm pojawiają się czapla biała i czapla biała, a także dudek (ptak o wzniesionym wachlarzowatym grzebieniu). Odrębną kategorię stanowią ptaki pustynne, których jest około 24 rodzajów.

Nil zawiera około 190 odmian ryb, z których najpospolitsze to bulṭī (Tilapia nilotica; ryba o grubych łuskach i kolczastych płetwach) i okoń nilowy. W jeziorach na wybrzeżu delty występuje głównie būrī (szarak). Jezioro Qārūn w gubernatorstwie Al-Fayyūm (muḥāfaẓah) zostało zarybione būrī, a jezioro Nasser bulṭī, które rosną bardzo duże w jego wodach.

.