De South Carolina Military Academy was een voorloper, twee-campus instelling van The Citadel. Het werd in 1842 opgericht door de wetgevende macht van Zuid-Carolina.

Zuid-Carolina had na de geplande slavenopstand van Denemarken Vesey in 1822 een reeks arsenalen rond de staat gebouwd; deze werden geconsolideerd in de arsenalen van Columbia en Charleston. Deze werden samengevoegd in de arsenalen van Columbia en Charleston. Omdat ze niet langer als militair noodzakelijk werden beschouwd, werden ze in 1842 de South Carolina Military Academy, bestaande uit de Arsenal Academy in Columbia en de Citadel Academy in Charleston. Tijdens de burgeroorlog dienden studenten van beide als het bataljon van staatscadetten; de lessen gingen door, met onderbrekingen. De cadetten van de SCMA losten de eerste schoten van de Burgeroorlog op 9 januari 1861 toen zij een geschutsopstelling bemanden op Morris Island, South Carolina, die het stoomschip Star of the West van de Unie beschoot; het Battalion of State Cadets vormde meer dan een derde van een Confederatie die een strategische spoorbrug verdedigde in de Slag bij Tulifinny in 1864, de enige gelegenheid waarbij het voltallige studentencorps van een Amerikaanse universiteit in de strijd vocht.

De Arsenal Academy werd in 1865 door troepen van de Unie in brand gestoken en nooit meer heropend; het enige overgebleven gebouw werd de South Carolina Governor’s Mansion. De Citadel Academie en de South Carolina Military Academy sloten in 1865; de gebouwen waren tot 1882 in federale handen. Een wet van de South Carolina Legislature van 1882 heropende de South Carolina Military Academy, waarbij alleen de campus in Charleston werd gebruikt. De school, algemeen bekend als The Citadel Academy, werd in 1910 omgedoopt tot The Citadel, nadat de naam “Academy” gebruikelijk werd voor middelbare scholen in plaats van colleges.