Schimmelmuggen van de familie Sciaridae kunnen ongedierte zijn. Ze zijn meestal onschadelijk voor gezonde planten – en mensen – maar kunnen grote schade toebrengen aan zaailingen; hun aanwezigheid kan wijzen op ernstigere problemen. Bij kamerplanten kan de aanwezigheid van varenrouwmuggen wijzen op overbewatering; ze kunnen zich voeden met wortels die te lang in water hebben gestaan en daardoor rotten, of de muggen kunnen worden aangetrokken door schimmels die in de verzadigde bovengrond groeien. Door de grond te laten drogen, kan hun aantal dus afnemen. Soms wordt het ongedierte ook onder controle gehouden door een laag zand of mulch op de grond rond de planten aan te brengen; door Hypoaspis mijten uit te zetten of het biologische larvicide Bacillus thuringiensis (var. israelensis) toe te passen om de muggenlarven te doden; door de grond jaarlijks met een insectendodende zeep te doordrenken. Waterstofperoxide kan met water worden gemengd en worden gebruikt om de larven van de varenrouwmug in besmette grond te doden met een mengsel van één deel 3% waterstofperoxide gemengd met vier delen water, dat vervolgens op de grond wordt aangebracht. Volwassen dieren kunnen worden gevangen met kleefvallen van geel karton of zwaar papier met een kleeflaag, omdat de volwassen dieren worden aangetrokken door de kleur geel.

Omdat de muggen zwakke vliegers zijn, kunnen vallen op basis van ventilatoren en andere vliegendodende apparaten worden gebruikt om vrij vliegende muggen te bestrijden, vooral binnenshuis. Er zijn een aantal toxische en niet-toxische methoden om varenrouwmuggen en hun larven te bestrijden, waaronder nematoden, diatomeeënaarde of kaneelpoeder.

In commerciële kassen wordt voor de bestrijding van varenrouwmuggen en hun larven meestal de insectengroeiregulator diflubenzuron gebruikt. Het wordt toegepast op besmette grond en doodt de larven van de varenrouwmug gedurende 30-60 dagen na één enkele toepassing. Het werkingsmechanisme van het middel is dat het de chitineproductie en -afzetting verstoort en insectenlarven aanzet tot vervroegde vervelling zonder een goed gevormd exoskelet, wat resulteert in de dood van de larven. Hoewel het middel gericht is tegen varenrouwmuglarven, moet het voorzichtig worden toegepast omdat het zeer giftig is voor ongewervelde waterdieren. Diflubenzuron heeft doorgaans geen toxisch effect op volwassen exemplaren; alleen de larven worden aangetast.