De schedels van de verschillende onderklassen en orden verschillen op de hieronder vermelde wijzen. Naast verschillen in openingen aan de zijkant van de schedel en in algemene vorm en grootte, zijn de meest significante variaties in reptielenschedels die welke de bewegingen binnen de schedel beïnvloeden.

Als groep verschillen reptielenschedels van die van de vroege amfibieën. Reptielen missen een otische inkeping (een inkeping aan de achterzijde van de schedel) en verschillende kleine botjes aan de achterzijde van het schedeldak. De schedels van moderne reptielen zijn ook in vele opzichten scherp afgegrensd van die van zoogdieren, maar de duidelijkste verschillen doen zich voor in de onderkaak en de aangrenzende gebieden. Reptielen hebben een aantal beenderen in de onderkaak, waarvan er slechts één, het tandbeen, tanden draagt. Achter de dentaris vormt een klein botje, het articulare, een gewricht met het quadraatbeen nabij het achterste deel van de schedel. De onderkaak van een zoogdier daarentegen bestaat uit één enkel botje, het dentarium; het articulair en het quadraat maken deel uit van de keten van botjes in het middenoor. Een bijna volledige overgang tussen deze twee zeer verschillende regelingen is bekend uit fossielen van vroege synapsiden (orde Therapsida).

Het gebit van de meeste reptielen vertoont weinig specialisatie in een bepaalde rij tanden. Een gebit dat groepen tanden verdeelt in onderscheidende blaasachtige snijtanden, slagtandachtige hoektanden, en molaren met platte kronen komt voor bij zoogdieren maar niet bij reptielen. In plaats daarvan bestaat de hele tandenrij meestal uit lange kegelvormige tanden. Gifslangen hebben één of meer holle of gegroefde hoektanden, maar die hebben dezelfde vorm als de meeste slangentanden. De voornaamste verschillen tussen de soorten liggen in het aantal, de lengte en de plaats van de tanden. De krokodillen onder de levende vormen en de dinosauriërs onder de uitgestorven vormen hebben slechts één rij boven- en één rij ondertanden. Slangen en vele uitgestorven reptielgroepen hebben tanden op de palatinale beenderen (vomer, palatine, pterygoid) en op de beenderen van de bovenkaak (premaxilla, maxilla). Aan de onderkaak is echter slechts één rij tanden aanwezig.

Hagedissen hebben conische of blaasachtige bicuspidalis- of tricuspidetanden. Sommige soorten hebben conische tanden vooraan in de kaken en cuspide tanden achteraan, maar deze laatste zijn noch qua vorm, noch qua functie te vergelijken met de kiezen van zoogdieren. (Schildpadden, met uitzondering van de vroegst uitgestorven soorten, hebben geen tanden. In plaats daarvan hebben zij boven- en onderhoornplaten, die dienen om brokken voedsel af te bijten.

De tanden van reptielen zijn ook minder gespecialiseerd in functie dan de tanden van zoogdieren. De grotere vleesetende reptielen zijn alleen uitgerust om grote stukken van hun prooi af te scheuren of af te bijten en door te slikken zonder te kauwen. Insectenetende hagedissen, die de meerderheid van alle hagedissen uitmaken, kraken gewoonlijk het exoskelet van hun insectenprooi, waarna zij de prooi inslikken zonder deze te vermalen. Slangen slikken hun prooi gewoon in zijn geheel door zonder enige mechanische verkleining, hoewel de prikwonden het mogelijk maken dat spijsverteringsenzymen de prooi binnendringen om de vertering te bevorderen.

Veel reptielen hebben (naast het scharnier voor de onderkaak) gewrichten binnen de schedel ontwikkeld die de lichte beweging van een deel ten opzichte van andere delen mogelijk maken. De mogelijkheid tot dergelijke bewegingen binnen de schedel, kinesis genoemd, stelt een dier in staat de opening van de bek te vergroten en is dus een aanpassing voor het inslikken van grote voorwerpen. Blijkbaar hadden sommige van de grote vleesetende theropode dinosauriërs (zoals Allosaurus) een gewricht tussen het voorhoofdsbeen en het pariëtale been in het schedeldak. Alle reptielen van de superorde Lepidosauria (hagedissen, slangen en tuatara’s) hebben kinetische schedels, maar zij verschillen van de dinosauriërs in die zin dat het gewricht op de schedelbodem bij lepidosauriërs voorkomt op het kruispunt van basisphenoid en pterygoid beenderen.

De schedels van de lepidosauriërs werden in toenemende mate kinetisch naarmate nieuwe groepen evolueerden. De Sphenodontia (waartoe ook de levende tuatara’s behoren) en hun antecedenten, de Rhynchocephalia, hadden alleen het basisfenoidaal-pterygoidaal gewricht. De hagedissen verloren de onderste temporale staaf, waardoor het kwadraat vrij kwam en de onderkaak, die aan het kwadraat scharniert, meer bewegingsvrijheid kreeg. Tenslotte culmineert deze tendens bij de slangen in de meest kinetische schedel onder de gewervelde dieren. De schedels van slangen bezitten het voorouderlijk basisphenoidaal-pterygoidaal gewricht, een zeer beweeglijk quadraat (dat een nog grotere beweeglijkheid geeft aan de onderkaak), en bovenkaken die om hun lengte-assen kunnen draaien en zowel naar voren als naar achteren kunnen bewegen. Vele slangensoorten hebben ook een scharnier op het schedeldak tussen neusbeen en voorhoofdsbeen, waardoor de snuit iets kan worden opgetrokken. Kortom, het enige deel van de schedel van een slang dat niet in staat is te bewegen, is de hersenpan.