De T cel tak van het immuunsysteem kan reageren op een vrijwel oneindige variëteit van exogene antigenen, waardoor ook de mogelijkheid van zelf-antigeen herkenning en gevaarlijke auto-immuunreacties bestaat. Daarom werken regulatiemechanismen zowel tijdens de ontogenie in de thymus als na de geboorte in de periferie. De controle van zelfreactieve T-cellen gebeurt door een proces van negatieve selectie dat resulteert in apoptose van T-cellen die een hoge affiniteit vertonen voor zelfpeptiden die op thymisch niveau tot expressie komen door middel van promiscue genexpressie. Zelf-reactieve T-cellen die aan negatieve selectie ontsnappen, worden in de periferie gecontroleerd door andere regulerende mechanismen, waarvan de natuurlijke Foxp3+ T-regelcellen (Treg-cellen) de belangrijkste zijn. Regulering is ook nodig om excessieve effector T cel responsen tegen exogene antigenen te controleren, wanneer deze gevaarlijk worden voor het lichaam. Drie types effector T-cellen zijn erkend: T helper 1 (Th1) cellen, die beschermen tegen intracellulaire bacteriën; Th2 cellen, die een zekere rol spelen in de bescherming tegen nematoden, maar verantwoordelijk zijn voor allergische reacties; Th17 cellen, die waarschijnlijk effectief zijn in de bescherming tegen extracellulaire bacteriën, maar ook een rol spelen in de versterking van auto-immuunziekten. Abnormale of excessieve Th-effector reacties worden door verschillende mechanismen gereguleerd. Omleiding of immuunafwijking van Th1- of Th2-gedomineerde reacties wordt verzorgd door cytokines geproduceerd door dezelfde celtypes en door de CXCR3-bindende chemokines CXCL4 en CXCL10. Bovendien kunnen zowel Th1- als Th2-responsen onderdrukt worden door adaptieve Treg-cellen via contactafhankelijke mechanismen en/of de productie van IL-10 en transformerende groeifactor-beta (TGF-beta). Tenslotte kan TGF-beta1 de ontwikkeling van zowel Th17 effector als adaptieve Treg cellen bevorderen, terwijl de gelijktijdige productie van IL-6 bijdraagt aan de ontwikkeling van Th17 cellen, maar Treg cellen remt. De ontwikkeling van Th17 cellen wordt ook geremd door IL-4 geproduceerd door Th2 cellen en door IFN-gamma geproduceerd door Th1 cellen.