Ondanks het gebrek aan neerslag is de natuurlijke vegetatie van Egypte gevarieerd. Een groot gedeelte van de Westelijke Woestijn is geheel verstoken van elke vorm van plantenleven, maar waar een of andere vorm van water aanwezig is, vindt men de gebruikelijke woestijngroei van vaste planten en grassen; de kuststrook heeft in het voorjaar een rijk plantenleven. In de Oostelijke Woestijn valt weinig regen, maar er is een gevarieerde vegetatie met tamarisken, acacia’s en markh (een boom zonder bladeren en doornen met kale takken en slanke twijgen), alsmede een grote verscheidenheid aan doornige struiken, kleine vetplanten en aromatische kruiden. Deze groei is nog opvallender in de wadi’s van de Rode Zeeheuvels en van de Sinaï en in het ʿIlbahgebergte (Elba) in het zuidoosten.

De Nijl en irrigatiekanalen en -greppels herbergen vele soorten waterplanten; de lotus uit de oudheid is te vinden in afwateringskanalen in de delta. Er zijn meer dan 100 soorten grassen, waaronder bamboe en esparto (ḥalfāʾ), een grof, lang gras dat in de buurt van water groeit. Robuust overblijvend riet, zoals het Spaanse riet en het gewone riet, is wijd verspreid in Neder-Egypte, maar de papyrus, die in de oudheid werd gekweekt, komt nu alleen nog voor in botanische tuinen.

De dadelpalm, zowel gekweekt als subspontaan, komt voor in de gehele delta, in de Nijlvallei en in de oases. De doumpalm (Hyphaene thebaica; een Afrikaanse waaierpalm) wordt vooral geïdentificeerd met Opper-Egypte (het zuidelijke deel van de Nijlvallei) en de oases, hoewel er elders verspreide exemplaren zijn.

Er zijn zeer weinig inheemse bomen. De Fenicische jeneverbes is de enige inheemse naaldboom, hoewel er verschillende gecultiveerde naaldboomsoorten zijn. De acacia is wijd verspreid, evenals eucalyptus en plataan. Verscheidene soorten van het geslacht Casuarina (runderhoutorde), die in de 19e eeuw werden ingevoerd, zijn thans de belangrijkste houtbomen van het land. Andere uit het buitenland ingevoerde boomsoorten, zoals de jacaranda, de koninklijke poinciana (een boom met oranje of scharlakenrode bloemen), en de lebbek (Albizia lebbek; een peulboom), zijn een karakteristiek kenmerk van het Egyptische landschap geworden.

Dieren van eigen bodem zijn buffels, kamelen, ezels, schapen en geiten, waarvan de laatste bijzonder opvallend zijn op het Egyptische platteland. De dieren die zo prominent voorkomen op de oude Egyptische friezen – nijlpaarden, giraffen en struisvogels – komen in Egypte niet meer voor; krokodillen komen alleen nog voor ten zuiden van de Aswān-dam. Het grootste wilde dier is de aoudad (een soort baardschaap), dat overleeft in de zuidelijke uitlopers van de Westelijke Woestijn. Andere woestijndieren zijn de Dorcas-gazelle, de fennec (een kleine, in de woestijn levende vos), de Nubische steenbok, de Egyptische haas, en twee soorten jerboa (een mousselachtig knaagdier met lange achterpoten om te springen). De Egyptische jakhals (Canis lupaster) bestaat nog, en de hyrax komt voor in het Sinaïgebergte. Er zijn twee vleesetende zoogdieren: de Caffre kat, een klein katachtig roofdier, en de ichneumon, of Egyptische mangoest. Er komen verschillende soorten hagedissen voor, waaronder de grote varaan. Giftige slangen omvatten meer dan één soort adder; de gespikkelde slang wordt in de gehele Nijlvallei gevonden en de Egyptische cobra (Naje haje) in landbouwgebieden. Schorpioenen komen veel voor in woestijngebieden. Er zijn talrijke soorten knaagdieren. Vele soorten insecten komen voor, waaronder de sprinkhaan.

Egypte is rijk aan vogels. Veel vogels passeren in grote aantallen op hun lente- en herfsttrek; in totaal zijn er meer dan 200 trekvogelsoorten te zien, evenals meer dan 150 standvogels. De bonte kraai is een bekende bewoner, en de zwarte wouw is karakteristiek langs de Nijlvallei en in Al-Fayyūm. Onder de roofvogels zijn de lannervalk en de torenvalk. Lammerarenden en steenarenden leven in de oostelijke woestijn en op het Sinaï-schiereiland. De heilige ibis (een waadvogel met een lange snavel die met het oude Egypte wordt geassocieerd) komt niet meer voor, maar de grote witte zilverreiger en de koereiger komen voor in de Nijlvallei en Al-Fayyūm, evenals de hop (een vogel met een opstaande waaiervormige kuif). De woestijnvogels vormen een aparte categorie met ongeveer 24 soorten.

De Nijl bevat ongeveer 190 soorten vis, waarvan de meest voorkomende de bulṭī (Tilapia nilotica; een grofgeschubde, stekelvinnige vis) en de Nijlbaars zijn. De meren aan de kust van de delta bevatten voornamelijk būrī (grijze mul). Het Qārūn-meer in het gouvernement Al-Fayyūm (muḥāfaẓah) is bevoorraad met būrī en het Nassermeer met bulṭī, die in zijn wateren zeer groot worden.