Uganda heeft sinds de onafhankelijkheid in 1962 te maken gehad met periodieke conflicten. In 1967 wierp de eerste premier, Dr. Milton Obote, de eerste president van het land, Sir Edward Mutesa II, omver en verklaarde Oeganda tot republiek. Meerdere militaire staatsgrepen en gewelddadige regimes volgden – waaronder dat van Idi Amin (1971-1979) – en hebben sindsdien geleid tot honderdduizenden doden en het aanhoudend lijden van Ugandezen. 55 jaar na de onafhankelijkheid is het land nog geen getuige geweest van een democratische machtsoverdracht van de ene leider aan de andere.
De meest recente staatsgreep, in 1986, bracht de huidige president Yoweri Museveni aan de macht. Zijn regering heeft te kampen gehad met gewapende oppositie van verschillende groeperingen in het hele land. Door middel van een hybride dictatuur en manipulatie heeft Museveni de macht in het land de afgelopen 31 jaar stevig in handen gehouden.
Sinds de jaren ’90 is Oeganda verwikkeld geweest in een aantal burgeroorlogen, waarvan de meest langdurige een 20 jaar durende oorlog was tegen Joseph Kony’s Lord’s Resistance Army (LRA), die als doel had een staat te vestigen gebaseerd op de Tien Geboden. De LRA werd berucht door hun ontvoering van 60.000 kinderen om als kindsoldaten en seksslaven te dienen.
Een periode van stabiliteit volgde op de vredesbesprekingen in Juba van 2006 tot 2008, maar het geweld hervatte snel na een mislukt militair offensief om de LRA uit te roeien in hun schuilplaatsen in Garamba, wat leidde tot de huidige invallen in de Centraal-Afrikaanse Republiek en delen van de Democratische Republiek Congo.
In 2005 werden de vijf grootste LRA-leiders aangeklaagd voor oorlogsmisdaden en misdaden tegen de menselijkheid. Sinds 2017 staat slechts één lagere commandant, Dominic Ongwen, terecht voor het Internationaal Strafhof. Kony blijft echter op vrije voeten. De door de VS gesteunde Regionale Task Force van de Afrikaanse Unie heeft de groep teruggedrongen en heeft in mei 2017 de voltooiing van zijn missie aangekondigd. Sommige analisten beweren echter dat actieve splinters in de CAR wijzen op het potentieel van heropleving.
Ondanks eerdere toezeggingen voor democratie en mensenrechten, heeft Museveni ook zijn termijnlimiet afgeschaft. Zijn meervoudige herverkiezingen zijn ontsierd met beschuldigingen van verkiezingsfraude en geweld. In 2016 werden zijn tegenstander, Dr. Kizza Besigye, en zijn aanhangers gewelddadig getreiterd door veiligheidstroepen, die schijnbaar straffeloos te werk gingen. Vanaf september 2017 begon Museveni aan een krachtige zet in het parlement om artikel 102 (b) van de grondwet te wijzigen om termijnbeperkingen voor het Oegandese presidentschap te schrappen en de weg vrij te maken voor het dienen voor het leven.
Een miljoen Soedanese vluchtelingen zijn ook naar Oeganda gevlucht voor de burgeroorlog, waardoor de Oegandese staat en samenleving nog meer onder druk komen te staan.