De eerste grote millenariaanse beweging na de eerste christengemeenschappen was het Montanisme. Montanus, de stichter ervan, streefde naar herstel van het enthousiasme uit de beginperiode van de kerk. De beweging van Montanus begon omstreeks 172 v. Chr. Hij verwachtte dat de Heer zou terugkeren naar Pepuza en Tymion, twee kleine steden in Klein-Azië. Het nieuwe Jeruzalem zou spoedig neerdalen op aarde en de duizendjarige heerschappij van Christus zou beginnen. Montanus moedigde zijn volgelingen aan in strenge ascese te leven ter voorbereiding op deze wederkomst. De kerk keerde zich tegen Montanus omdat het millenarisme niet centraal stond in de christelijke leer en omdat extatische profetie en privé-interpretatie de kerkelijke discipline ondermijnden.
St. Augustinus van Hippo (354-430) sloot eeuwenlang effectief de deur voor millenarische speculaties door te schrijven tegen het soort letterlijke interpretatie van de Schrift dat een fysiek paradijs op aarde beloofde. Maar vroeg in de Middeleeuwen heropende Joachim van Fiore (1130 of 1135-1201 of 1202) de deur voor vele apocalyptische en vernieuwingsbewegingen, zoals de Geestelijke Franciscanen en de Fraticelli. Joachim geloofde dat zijn eigen tijdperk zich in een crisis bevond en predikte dat menselijke actie zou bijdragen om de kerk naar de laatste fase van de geschiedenis te brengen, het tijdperk van de Heilige Geest.
In veel gevallen raakten millenariaanse hoop en verwachtingen verstrengeld met politieke en sociale aspiraties en resulteerden in een gewelddadige mix – vooral wanneer hervormingspogingen, geblokkeerd door starre kerkelijke en wereldlijke autoriteiten, radicaal en extreem werden. Een dergelijke situatie deed zich bijvoorbeeld voor in de vijftiende eeuw in Bohemen en Moravië, toen de Hussitische hervormingsbeweging, vermengd met onduidelijke nationalistische gevoelens en sociale spanningen, uitgroeide tot de Hussitische Revolutie, die op haar beurt de radicale millenariaanse beweging van de Taborieten voortbracht. Met behulp van religieuze beelden en millenariaanse overtuigingen creëerden de Taborieten een kortstondige millenariaanse samenleving die gewelddadig vocht tegen de krachten die gestuurd waren om haar te verpletteren.
In het zestiende-eeuwse Duitsland veroorzaakten de Lutherse hervormingen een gevoel van bevrijding, maar ook van desoriëntatie temidden van sociale en religieuze veranderingen. Zoals Maarten Luther met apocalyptische beelden de paus afschilderde als de antichrist, zo schilderde Thomas Müntzer Luther af als het beest van de Apocalyps, omdat Luther de reformistische inspanningen van Müntzer tegenwerkte. Müntzer zette zich in voor sociale en religieuze revolutie en geloofde dat iedereen die zich verzette tegen dit proces van de laatste dagen gewelddadig moest worden vernietigd. Doopsgezinde groepen kanaliseerden de hoop op hervorming in pogingen om een nieuwe gouden eeuw te vestigen. Sommige groepen predikten een geweldloos wachten op de eindtijd, terwijl andere segmenten een fanatiek millenarisme ontwikkelden toen de autoriteiten hen tegenwerkten. In Münster stichtten de wederdopers het nieuwe Koninkrijk Sion, dat in 1535 tot een gewelddadig en bloedig einde kwam.
Aan het eind van de zestiende eeuw en in het begin van de zeventiende veroorzaakten de politieke en religieuze omstandigheden in Engeland een golf van millenariaanse belangstelling en opwinding. Engelse puriteinen interpreteerden in toenemende mate bijbelse profetieën over rampen en de wederkomst als verwijzingen naar hedendaagse situaties. Geleerde mannen probeerden uit de Schrift de datum te ontcijferen waarop het einde van de wereld zou kunnen aanbreken. De meest radicale Engelse millenarians stonden bekend als de Vijfde Monarchie Mannen (naar het visioen uit het boek Daniël, hoofdstuk 7). In het begin van de achttiende eeuw zochten de Franse Camisards of “Franse Profeten” bij de katholieke koning enige tolerantie voor hun protestantse cultuur en praktijken. De Camisards geloofden dat hun lijden deel uitmaakte van Gods plan voor de komst van het millennium. Lekenprofeten, waaronder veel kinderen, openbaarden te midden van fysieke manifestaties van beven en stuiptrekkingen dat de Dag des Oordeels spoedig naderde, dat de heerschappij van het Beest van de Apocalyps spoedig zou eindigen.