Klinische informatie
Chromosomale microarray (array vergelijkende genomische hybridisatie,aCGH) analyse is nuttig voor het opsporen van klinisch significante copynumber afwijkingen bij patiënten met fenotypische kenmerken die wijzen op een congenitale chromosoomherschikking. Microarray-tests maken een volledig genoomonderzoek met zeer hoge resolutie mogelijk en worden momenteel door het American College of MedicalGenetics aanbevolen als eersterangs test voor bepaalde patiënten.
Het SNP-gedeelte (single nucleotide polymorphism) van de microarray maakt detectie mogelijk van regio’s met absence ofheterozygosity (AOH). Lange ononderbroken stukken met AOH wijzen op bevindingen van potentieel klinisch belang in verband met twee klassen van aandoeningen:
- die waarbij ingeprente genomische regio’s betrokken zijn (als gevolg van uniparentale disomie of UPD) en
- recessieve aandoeningen (als gevolg van UPD of identiteit door afstamming).
De SNP-microarray kan resultaten opleveren die consistent zijn met verwantschap (d.w.z. dat de ouders nauw verwant zijn). Pre-test counseling moet deze kwestie aan de orde stellen. Het huidige platform is deCytoScanHD -oplossing (vervaardigd door Affymetrix). DeCytoScan HD is gebaseerd op de onafhankelijke analyse van twee soorten moleculaire markers: 1,7 miljoen oligonucleotide-probes en 750.000 SNP-probes. De oligonucleotide probes bestrijken elk gebied waarvan bekend is dat het betrokken is bij cytogenetische afwijkingen, inclusief meer dan 255 herkende genetische syndromen, meer dan 980 gengebieden van functioneel belang in de menselijke ontwikkeling, de pericentromerische gebieden, en de subtelomeren.
De SNP probes hebben een gemiddelde tussenruimte van ~49 kb. Deze afstand maakt detectie van AOH mogelijk met een effectieve resolutie van ongeveer 5-10 Mb over het genoom.
Fluorescentie in situ hybridisatie (FISH) analyse kan worden uitgevoerd voor vervolgonderzoek, indien dit nodig wordt geacht. Bovendien kan het in sommige gevallen nodig zijn de ouders te testen om een bevinding van onbekende betekenis op te helderen.