Geboren te Madrid op 10 oktober 1830, Isabella was de dochter van Ferdinand VII van Spanje en Maria Cristina van Napels. Haar oom Don Carlos weigerde haar recht op de troon te erkennen, en na de dood van Ferdinand eind 1833 brak een bittere burgeroorlog uit tussen de conservatieve elementen, die Don Carlos steunden, en de liberale groeperingen, die de jonge prinses en haar moeder, de koningin-regentes, steunden. De carlisten werden in 1839 verslagen, maar het jaar daarop dwong Baldomero Espartero, een liberaal en de machtigste generaal van het land, Maria Cristina Spanje te verlaten. Isabella bleef achter.
Drie jaar later wierpen de conservatieven Espartero en zijn liberale medestanders omver en op 8 nov. 1843 werd de 13-jarige Isabella meerderjarig verklaard en tot koningin gekroond. Isabella’s opvoeding was mager geweest; ze kon nauwelijks lezen en was naar alle waarschijnlijkheid relatief onwetend. Maar ze was zeer aantrekkelijk en uiterst charmant. Tussen 1843 en 1868 regeerde Isabella, maar regeerde niet. Gedurende het grootste deel van deze periode werd Spanje geregeerd door een coalitie van burgerlijke conservatieven en generaals van het leger.
Op 10 oktober 1846 trouwde Isabella met haar neef Francisco de Asis. Zij was een aantrekkelijke 16-jarige, vrijgevig, vriendelijk, dol op dansen en amoureus, en de timide en verwijfde Francisco was een grote teleurstelling voor haar. De dag na het huwelijk vertrok hij uit de vertrekken van de koningin en haar eerste minnaar, de knappe generaal Serrano, nam zijn intrek. Hij zou de eerste van velen zijn, totdat haar actieve seksleven (of wat een Engelse waarnemer haar “verschrikkelijke constitutionele kwaal” noemde) het gesprek van de dag was in heel Europa. Toch beschouwde zij zichzelf als een vroom katholiek en stond zij sterk onder de invloed van de bijgelovige en vaak fanatieke nonnen en monniken die haar aan het hof omringden.
Isabella’s schandalige privé-leven, haar antiliberalisme en Spanje’s economische crisis van 1866 leidden in september 1868 tot een volksrevolutie. Isabella vluchtte naar Frankrijk, en op 25 juni 1870 deed zij afstand van de troon ten gunste van haar zoon Alfonso XII. Hij werd begin 1875 tot koning van Spanje gekroond, nadat de in 1873 opgerichte republiek was opgeheven.
In ballingschap behield Isabella haar plezier in mannen en haar voorliefde voor dansen. De nederlaag van Spanje in 1898 schijnt echter haar geest gebroken te hebben; na dat jaar begon haar gezondheid te verslechteren, en op 19 april 1904 overleed zij in haar Parijse woning.