Pathogenese: De meeste soorten zijn geen belangrijke ziekteverwekkers en veroorzaken weinig of geen ziekte. Bepaalde soorten zijn echter zeer pathogeen en veroorzaken catarrale of hemorragische enteritis door ernstige erosie van de slijmvliesmembranen door cellyse, resulterend in overvloedige waterige tot bloederige diarree. De klinische ziekte manifesteert zich meestal pas na cumulatieve weefselschade die gepaard gaat met schizogonie van de tweede of derde generatie. Matig aangetaste dieren kunnen progressieve verschijnselen vertonen, zoals een geringe gewichtstoename of gewichtsverlies, zwakte en vermagering, terwijl ernstig aangetaste dieren snel na het optreden van de ziekte kunnen sterven. De pathogeniteit hangt af van vele factoren, zoals de parasietensoort, de levensvatbaarheid, de infectiviteit, de virulentie, het tropisme, de leeftijd van de gastheer, de voedingsstatus, de immunologische competentie, alsook de heersende milieuomstandigheden (temperatuur, vochtigheid) en de beheerspraktijken. Jonge dieren zijn het meest vatbaar voor klinische ziekte, hoewel overlevenden een sterke specifieke beschermende immuniteit ontwikkelen tegen latere infectie en ziekte.

Wijze van overdracht: Oöcysten die met de uitwerpselen van de gastheer worden uitgescheiden, besmetten het externe milieu, maar ze moeten interne sporulatie (sporozoietvorming) ondergaan voordat ze infectieus worden. Nieuwe gastheren worden besmet wanneer zij gesporuleerde oöcysten opnemen die voedsel of water hebben besmet (fecale-orale transmissie). Na opname excysten oöcysten en sporocysten in de darmen, waarbij de sporozoieten vrijkomen die de gastheercellen binnendringen en merogonie beginnen. Excystatie wordt gestimuleerd door de juiste fysisch-chemische omstandigheden na de maag, zoals zuurstofgehalte, pH, galzouten, pancreasenzymen, enz.

Differentiële diagnose: De klinische verschijnselen vallen gewoonlijk samen met de patency van de parasiet (patente periode = periode waarin oöcysten worden geproduceerd). Infecties worden gewoonlijk gediagnosticeerd door coprologisch onderzoek van de feces van de gastheer op coccidiën oöcysten (geconcentreerd met behulp van verschillende sedimentatie-flotatie technieken). Niet-gekleurde oöcysten kunnen het best worden waargenomen met lichtmicroscopie met suboptimale doorvallende verlichting (condensor omlaag gedraaid om diffractie te introduceren), fasecontrast- of interferentiecontrastoptiek. Verse fecesmonsters kunnen alleen niet-gesporuleerde oöcysten bevatten, zodat voor een differentiële specifieke diagnose soms een kortstondige opslag nodig is om sporulatie te bevorderen (2% kaliumdichromaat wordt vaak gebruikt om de microflora tijdens de opslag te onderdrukken, maar niet voor piscine soorten, en koeling kan het proces vertragen indien dat nodig is voor veldmonsters). Onderzoekers hebben onlangs een reeks moleculaire technieken gebruikt om de genetische variatie tussen en binnen parasietensoorten te karakteriseren, maar slechts weinig technieken zijn geschikt voor routinediagnostisch gebruik.

Behandeling en bestrijding: De progressie van de ziekte verloopt gewoonlijk zo snel dat elke therapeutische (curatieve) behandeling gewoon te laat kan zijn. Daarom wordt in veel intensieve veehouderijen voor profylactische (preventieve) behandeling vaak gebruik gemaakt van continue toediening van geneesmiddelen in het voer of in het water. Er is een breed scala van geneesmiddelen beschikbaar, waaronder die met coccidio-statische (reversibele onderdrukkende) activiteit of coccidio-cidale (onomkeerbare dodelijke) activiteit. De voornaamste groepen geneesmiddelen omvatten sulfonamiden (sulfanilamide, trimethoprim, ethopabaat), pyridinolen (clopidol, decoquinaat), nitrobenzamiden (zoaleen), organische arsenalen (roxarson), nitrofuranen (furazolidon, amprolium), quinazolinonen (halofuginon), polyether-ionofore antibiotica (monensin, laslocid, salinomycine, narasin), asymmetrische (diclazuril) en symmetrische (toltrazuril) triazinen. Helaas zijn er steeds meer problemen met resistentie tegen geneesmiddelen bij veel coccidiënsoorten, vooral tegen synthetische geneesmiddelen, die de neiging hebben zich te handhaven binnen parasietenpopulaties. Veel bedrijfstakken bevelen een periodieke afwisseling aan tussen verschillende groepen geneesmiddelen en het gebruik van combinatiemedicijnen (cocktails) om het optreden van resistentie tot een minimum te beperken. De meeste coccidiële infecties stimuleren de ontwikkeling van een sterke beschermende immuunrespons, zij het van voorbijgaande aard tenzij premunitief (van korte duur tenzij de parasieten persisteren). Er is veel succes geboekt met de bestrijding door immunoprofylaxe met verzwakte of vroegrijpe stammen van parasieten, vooral in de pluimvee-industrie. Onderzoekers proberen nu recombinante subcellulaire vaccins te ontwikkelen. Uitbraken kunnen over het algemeen worden beheerst door de hygiëne te verbeteren, het aantal mensen te verminderen, besmet strooisel te verwijderen en besmette dieren te isoleren. Chemische desinfectie is meestal niet uitvoerbaar omdat de oöcysten resistent zijn tegen veel conventionele desinfectiemiddelen.