Gediagnosticeerd kan chlamydia eenvoudig worden behandeld en genezen zoals hierboven beschreven. Chlamydia is een ernstige bedreiging voor de gezondheid, vooral voor vrouwen. Onbehandeld kan chlamydia ernstige en kostbare reproductieve en andere gezondheidsproblemen veroorzaken, met gevolgen op zowel korte als lange termijn, waaronder bekkenontstekingsziekte (PID), die de kritieke schakel is tot onvruchtbaarheid, en mogelijk fatale eileiderzwangerschap. PID kan littekens veroorzaken en de eileiders blokkeren. Daardoor kan een vrouw onvruchtbaar worden en niet zwanger worden. Het is mogelijk dat bevruchte eicellen de baarmoeder niet bereiken omdat de eileiders geblokkeerd zijn. Als de eicellen zich in de eileiders ontwikkelen, is er sprake van een buitenbaarmoederlijke of eileiderzwangerschap. Een vrouw kan overlijden als een zwangerschap zich buiten haar baarmoeder ontwikkelt. Meestal heeft ze dan een spoedoperatie nodig. Vrouwen met PID van de eileiders hebben 7-10 keer meer kans op een buitenbaarmoederlijke zwangerschap dan andere vrouwen.

Chlamydia kan ook mannen onvruchtbaar maken. Het kan zich verspreiden van de urinebuis naar de testikels. Dan kan het resulteren in een aandoening genaamd epididymitis. Epididymitis kan onvruchtbaarheid veroorzaken. Symptomen zijn onder meer koorts en zwelling en een wisselende mate van pijn in het scrotum.

Chlamydia kan ook leiden tot nadelige uitkomsten van de zwangerschap, waaronder neonatale conjunctivitis (ooginfecties bij pasgeborenen) en longontsteking. Bovendien heeft recent onderzoek aangetoond dat vrouwen die besmet zijn met chlamydia een 3- tot 5-voudig verhoogd risico hebben op het krijgen van HIV, indien zij hieraan worden blootgesteld.