Dit hoofdstuk geeft een overzicht van schimmels en eukaryotische algen, aangezien deze beide groepen een scala aan morfologieën gemeen hebben, dat wil zeggen van filamenteus tot cellulair. Schimmels binden de bodem door hun filamenteuze vorm, exudaten, en trofische interacties met alle andere groepen bodemorganismen. Schimmels zijn enorm belangrijk in de koolstof- en stikstofcyclus vanwege hun vermogen om complexe substraten van plantaardige oorsprong af te breken, die in de meeste terrestrische ecosystemen tot 90% van de netto primaire productiviteit uitmaken. Bovendien hebben de meestal mutualistische symbiose, bekend als “mycorrhiza’s”, tussen veel schimmels en plantenwortels en de parasitaire interacties die tot veel plantenziekten leiden, enorme gevolgen in zowel ecologisch als economisch opzicht. De tijdelijk of permanent natte randen van rivieren, meren en vijvers en de veenachtige substraten van moerassen en vennen zijn de habitat van veel zoetwateralgen die niet ver van water gedijen. De diverse bodems van gematigde en tropische landbouw, graslanden, bossen, arctische en alpiene toendra’s, en zelfs woestijnen herbergen ook een verrassend diverse en actieve flora van zowel eukaryote algen als cyanobacteriën. Dit hoofdstuk behandelt de classificatie en de kenmerken van schimmels en eukaryote algen, samen met de ecologische rol van deze groepen in de bodem.