El FSLN reforzó su posición el 22 de agosto de 1978, cuando un grupo de la facción de la Tercera Vía, liderado por Edén Pastora Gómez (también conocido como Comandante Cero), tomó el Palacio Nacional y mantuvo como rehenes a casi 2.000 funcionarios del gobierno y miembros del Congreso durante dos días. Con la mediación del arzobispo Miguel Obando y Bravo, así como de los embajadores de Costa Rica y Panamá, la crisis se resolvió en dos días. Los resultados de las negociaciones favorecieron a la insurrección y empañaron aún más la imagen del gobierno. El presidente Somoza no tuvo más remedio que satisfacer la mayoría de las exigencias de los rebeldes, entre ellas la liberación de sesenta guerrilleros del FSLN de la cárcel, la difusión en los medios de comunicación de una declaración del FSLN, un rescate de 500.000 dólares y el salvoconducto para los secuestrados hacia Panamá y Venezuela. El atentado electrizó a la oposición. La humillación de la dictadura también afectó a la moral de la Guardia Nacional, lo que obligó a Anastasio Somoza Debayle a sustituir a muchos de sus oficiales para evitar un golpe de Estado y a lanzar una campaña de reclutamiento para reforzar sus bases. Los combates estallaron en todo el país, pero la Guardia Nacional, a pesar de las divisiones internas, siguió recuperando la mayoría de los territorios ocupados por la guerrilla.
A finales de 1978, el fracaso de la FAO para obtener una solución negociada aumentó la estatura del movimiento insurreccional. En octubre, Los Doce se retiraron del proceso de negociación cuando la FAO persistió en buscar una solución negociada con el dictador, y muchos de los miembros de la FAO renunciaron en protesta por las negociaciones con Somoza. El movimiento insurreccional, mientras tanto, cobró fuerza y aumentó los combates. El régimen de Somoza quedó aún más aislado y desacreditado cuando en noviembre la Comisión Interamericana de Derechos Humanos de la Organización de Estados Americanos (OEA) publicó un informe en el que acusaba a la Guardia Nacional de numerosas violaciones de los derechos humanos. El informe fue seguido por una resolución de la Organización de las Naciones Unidas (ONU) que condenaba al gobierno nicaragüense. En diciembre de 1978, el FSLN se fortaleció aún más cuando la mediación cubana llevó a un acuerdo entre las tres facciones del FSLN para un frente sandinista unido. La unificación formal del FSLN se produjo en marzo de 1979.
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