Los mosquitos del hongo de la familia Sciaridae pueden ser plagas. Suelen ser inofensivos para las plantas sanas -y los seres humanos-, pero pueden infligir grandes daños a las plantas de semillero; su presencia puede indicar problemas más graves. En las plantas de interior, la presencia de esciáridos puede indicar un exceso de riego; pueden estar alimentándose de raíces que han estado sumergidas en el agua demasiado tiempo y que, por tanto, se están pudriendo, o los mosquitos pueden verse atraídos por los hongos que crecen en la capa superior de la tierra saturada. En consecuencia, dejar que el suelo se seque puede reducir su número. Las plagas también se controlan a veces colocando una capa de arena o mantillo de interior sobre el suelo alrededor de las plantas; introduciendo ácaros Hypoaspis miles o aplicando el larvicida biológico Bacillus thuringiensis (var. israelensis) para matar las larvas de los mosquitos; empapando el suelo anualmente con un jabón insecticida. El peróxido de hidrógeno puede mezclarse con agua y utilizarse para matar las larvas del mosquito de los hongos en el suelo infectado con una mezcla de una parte de peróxido de hidrógeno al 3% mezclada con cuatro partes de agua, aplicada después al suelo. Los adultos pueden ser atrapados con trampas adhesivas hechas de cartulina amarilla o papel grueso recubierto de un adhesivo, ya que los adultos se sienten atraídos por el color amarillo.
Dado que los mosquitos son voladores débiles, pueden utilizarse trampas basadas en ventiladores, así como otros dispositivos para matar moscas, para ayudar a controlar los mosquitos que vuelan libremente, especialmente en interiores. Hay una serie de métodos tóxicos y no tóxicos para controlar los esciáridos y sus larvas, como los nematodos, la tierra de diatomeas o la canela en polvo.
Los invernaderos comerciales suelen emplear el regulador del crecimiento de los insectos diflubenzurón para controlar los mosquitos del hongo y sus larvas. Se aplica al suelo infectado y mata las larvas del mosquito del hongo durante 30-60 días con una sola aplicación. Su mecanismo de acción consiste en interferir con la producción y la deposición de quitina y también provoca la muda temprana de las larvas de los insectos sin un exoesqueleto correctamente formado, lo que provoca la muerte de las larvas. Aunque está dirigido a las larvas del mosquito del hongo, hay que tener cuidado al aplicarlo, ya que es muy tóxico para los invertebrados acuáticos. El diflubenzurón no suele tener efectos tóxicos sobre los adultos; sólo afecta a las larvas.