El primer movimiento milenarista importante después de las primeras comunidades cristianas fue el montanismo. Montanus, su fundador, trató de restaurar el entusiasmo del primer período de la iglesia. El movimiento de Montanus comenzó alrededor del año 172 d.C. Esperaba que el Señor regresara a Pepuza y Tymion, dos pequeñas ciudades de Asia Menor. La Nueva Jerusalén pronto descendería a la tierra y comenzaría el reino de mil años de Cristo. Montanus animaba a sus seguidores a vivir en un estricto ascetismo para preparar esta Segunda Venida. La iglesia se volvió contra Montanus porque el milenarismo no era central en la doctrina cristiana y porque la profecía extática y la interpretación privada socavaban la disciplina de la iglesia.

San Agustín de Hipona (354-430) cerró efectivamente la puerta a la especulación milenaria durante siglos al escribir contra el tipo de interpretación literal de las Escrituras que prometía un paraíso físico en la tierra. Pero a principios de la Edad Media, Joaquín de Fiore (1130 o 1135-1201 o 1202) reabrió la puerta a muchos movimientos apocalípticos y de renovación, como los franciscanos espirituales y los Fraticelli. Joaquín creía que su propia época estaba en crisis y predicaba que la acción humana contribuiría a llevar a la Iglesia a la etapa final de la historia, la era del Espíritu Santo.

En muchos casos, las esperanzas y expectativas milenaristas se entrelazaron con las aspiraciones políticas y sociales y dieron lugar a una mezcla violenta, especialmente cuando los esfuerzos de reforma, bloqueados por las rígidas autoridades eclesiásticas y seculares, se volvieron radicales y extremos. Esta situación se produjo, por ejemplo, en el siglo XV en Bohemia y Moravia, cuando el movimiento reformista husita, mezclado con sentimientos nacionalistas incipientes y tensiones sociales, se convirtió en la Revolución Husita, que a su vez engendró el movimiento milenarista radical de los taboritas. Utilizando imágenes religiosas y creencias milenaristas, los taboritas crearon una sociedad milenaria de corta duración que luchó violentamente contra las fuerzas enviadas para aplastarla.

En la Alemania del siglo XVI, las reformas luteranas desencadenaron un sentimiento de liberación, así como de desorientación en medio de los cambios sociales y religiosos. Al igual que Martín Lutero utilizó la imaginería apocalíptica para retratar al Papa como el Anticristo, Thomas Müntzer retrató a Lutero como la Bestia del Apocalipsis porque Lutero estaba contrarrestando los esfuerzos reformistas de Müntzer. Müntzer se comprometió con la revolución social y religiosa, creyendo que cualquiera que se opusiera a este proceso de los últimos días debía ser aniquilado violentamente. Los grupos anabaptistas canalizaron las esperanzas reformistas en esfuerzos por establecer una nueva edad de oro. Algunos grupos predicaban una espera no violenta de los últimos tiempos, mientras que otros segmentos desarrollaron un milenarismo fanático al oponerse las autoridades. En Münster, los anabaptistas establecieron el nuevo Reino de Sión, que tuvo un final violento y sangriento en 1535.

A finales del siglo XVI y principios del XVII, las condiciones políticas y religiosas de Inglaterra provocaron una ola de interés y entusiasmo milenarista. Los puritanos ingleses interpretaban cada vez más las profecías bíblicas sobre calamidades y la Segunda Venida como referidas a situaciones contemporáneas. Los hombres cultos trataban de descifrar de las Escrituras la fecha en que podría llegar el fin del mundo. Los más radicales de los milenaristas ingleses eran conocidos como los Hombres de la Quinta Monarquía (por la visión relatada en el capítulo 7 del Libro de Daniel). A principios del siglo XVIII, los camisards o «profetas franceses» buscaban del rey católico cierta tolerancia para su cultura y prácticas protestantes. Los camisards creían que sus sufrimientos formaban parte del plan de Dios para la llegada del milenio. Los profetas laicos, entre los que se encontraban muchos niños, en medio de manifestaciones físicas de sacudidas y convulsiones, revelaron que el Día del Juicio se acercaba pronto, que el reino de la Bestia del Apocalipsis terminaría pronto.