Aunque los roedores hospedan frecuentemente ectoparásitos que pueden ser vectores de enfermedades zoonóticas, a menudo se conoce poco sobre sus comunidades de ectoparásitos, incluso en lugares donde los hospedadores interactúan frecuentemente con los humanos. El Parque Nacional de Yosemite es una zona de gran interacción entre el hombre y la fauna silvestre y de alto potencial de transferencia de enfermedades zoonóticas. Sin embargo, son relativamente pocos los estudios que han estudiado las comunidades de pulgas en los mamíferos hospedadores de esta zona, y aún menos los que han caracterizado los factores ambientales y del hospedador que predicen la infestación. Nos hemos centrado en dos especies, la ardilla alpina (Tamias alpinus) y la ardilla lodgepole (T. speciosus), que habitan en Yosemite y sus alrededores y pueden albergar pulgas vectoras de la peste. Debido a que estos huéspedes están mostrando respuestas diferenciales al cambio ambiental, es valioso establecer líneas de base para sus comunidades de pulgas antes de que se produzcan más cambios. Hemos estudiado las pulgas de estas ardillas durante tres años (2013-2015), incluido el año de la epizootia de peste (2015), y hemos documentado diferencias significativas entre las comunidades de pulgas y los cambios entre años. La abundancia de pulgas se asoció con los rasgos del huésped, incluyendo el sexo y los niveles de metabolitos glucocorticoides fecales. El número medio de pulgas por individuo y la proporción de individuos portadores de pulgas aumentó a lo largo de los años en el caso de T. speciosus pero no en el de T. alpinus. Para entender mejor estos patrones, construimos modelos para identificar predictores ambientales de la abundancia de pulgas para las dos especies de pulgas más comunes, Ceratophyllus ciliatus mononis y Eumolpianus eumolpi. Los resultados mostraron diferencias dependientes del hospedador en los predictores ambientales de la abundancia de pulgas para E. eumolpi y C. ciliatus mononis, con notables vínculos con la variación de la temperatura ambiente y la elevación. Estos resultados proporcionan información sobre los factores que afectan a la abundancia de pulgas en dos especies de ardillas, que pueden estar relacionados con el cambio climático y con posibles epizootias futuras de la peste.