降水量の少なさにもかかわらず、エジプトの自然植生は変化に富んでいる。 西側砂漠の大部分には何の植物も生えていないが、何らかの水があるところでは、多年草や草といった通常の砂漠の生物を見ることができる。 東部砂漠は降雨量は少ないが、タマリスク、アカシア、マルク（葉がなく、とげのない木で、枝がむき出しで細い小枝がある）、棘のある低木、小さな多肉植物、香草など、さまざまな植生を見ることができる。 このような生育は紅海丘陵やシナイ半島のワジや南東部のʿイルバ（エルバ）山脈ではさらに顕著である。
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ナイル川と用水路や溝は多くの種類の水草を支え、古代の蓮はデルタの排水路で見かけることができる。 竹やエスパルト（ḥalfāmʾ）と呼ばれる水辺に生える粗く長い草など、100種類以上の草が存在する。 しかし、古代に栽培されていたパピルスは、現在では植物園でしか見ることができない。
ナツメヤシは、栽培されているものと自然発生したものの両方が、デルタ全域、ナイル谷、およびオアシスで見られる。 ドゥームヤシ（Hyphaene thebaica、アフリカンファンヤシ）は特に上エジプト（ナイル渓谷の南部）とオアシスで確認されているが、他の場所にも散見される。 針葉樹はフェニキア・ビャクシンが唯一自生しているが、栽培されている針葉樹は数種類ある。 アカシアは広く分布しており、ユーカリやスズカケノキもある。 19世紀に輸入されたカスミソウ属の数種類（ビーフウッド目）は、現在この国で最も重要な材木となっている。 ジャカランダ、ポインシアナ（オレンジや緋色の花をつける木）、レベック（Albizia lebbek、マメ科の木）など、外国から輸入したものもエジプトの景観を特徴づけるものとなっている
家畜には水牛、ラクダ、ロバ、羊、山羊がいるが、エジプトの田舎ではこのうちの一つが特に目立っている。 古代エジプトのフリーズに登場する動物、カバ、キリン、ダチョウはもはやエジプトには存在せず、ワニもアスワーンハイダムの南側にのみ生息している。 最大の野生動物はアオダモ（ヒゲヒツジの一種）で、西方砂漠の南の険しい場所に生存している。 その他、ドルカスガゼル、フェネック（砂漠に生息する小型のキツネ）、ヌビアアイベックス、エジプトウサギ、2種類のジャーボア（ジャンプ用の長い後ろ足を持つネズミのようなネズミ）などが砂漠の動物である。 また、エジプトジャッカル（Canis lupaster）が現存し、ハイラックスがシナイ山地に生息している。 肉食の哺乳類としては、ネコ科の小型肉食獣であるカフル・キャットと、エジプト・マングースと呼ばれるイチモンジが生息している。 トカゲは大型のオオトカゲをはじめ、数種類が生息している。 毒蛇としては、ナイル川流域に生息する斑点ヘビ、農業地帯に生息するエジプトコブラ（Naje haje）など、複数の種類が生息している。 砂漠地帯ではサソリがよく見られる。 ネズミの種類も多い。 イナゴなど昆虫の種類も多い。
エジプトは鳥類が多い。 春と秋の渡り鳥が多く、200種類以上の渡り鳥と150種類以上の留鳥を見ることができる。 身近なところではハシブトガラス、ナイル川流域やアル・ファユムではトビが特徴的である。 猛禽類では、ランナーハヤブサやチョウゲンボウがいる。 東部砂漠やシナイ半島には、ランマージアやイヌワシが生息している。 神聖なトキ（古代エジプトに関連する嘴の長い渉禽）はもはや見られないが、オオシラサギやウシサギはナイル川流域やアル・ファユムで見られ、フープー（扇状の立毛を持つ鳥）もいる。
ナイル川には約190種類の魚が生息しており、最も一般的なのはブルティー（Tilapia nilotica、鱗が粗く棘のある魚）とナイルパーチである。 デルタ沿岸の湖では、主にbūrī（灰色ボラ）が生息している。 アル・ファユム州のQārūn湖にはbūrīr、ナセル湖にはbulṭīが放流され、非常に大きく成長している。