診断されたクラミジアは、上記のように簡単に治療して治すことができます。 クラミジアは、特に女性にとって深刻な健康上の脅威です。 クラミジアは未治療のままでは、不妊症と決定的に関連する骨盤内炎症性疾患（PID）や、潜在的に致命的な卵管妊娠など、短期および長期の結果を含む、深刻で費用のかかる生殖およびその他の健康問題を引き起こす可能性があります。 PIDは卵管に傷をつけ、閉塞させる可能性があります。 そのため、女性は不妊になり、妊娠することができなくなります。 受精卵は、管がふさがれているため、子宮に到達しないことがあります。 卵子が管の中で成長する場合、これは子宮外妊娠または卵管妊娠と呼ばれます。 妊娠が子宮の外で発生した場合、女性は死亡する可能性があります。 通常、緊急手術が必要です。 卵管のPIDを持つ女性は、他の女性よりも子宮外妊娠を起こす可能性が7～10倍高くなります。

クラミジアは、男性を不妊にすることもあります。 尿道から睾丸に広がることがあります。 そして、精巣上体炎と呼ばれる状態になることがあります。 精巣上体炎は、不妊症の原因になります。

クラミジアは、新生児結膜炎（新生児の目の感染症）や肺炎など、妊娠中の有害事象の原因となることもあります。 さらに、最近の研究では、クラミジアに感染した女性がHIVに感染した場合、そのリスクが3～5倍上昇することが示されています

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