1959年のキューバ革命後、キューバは宗教活動を制限し、大学や職場で多くのカトリック教徒が迫害されるようになった。 しかし、実際には、政府は宗教の自由に制限を加えています。

アフロ・キューバの宗教と精神病を関連づける研究が報告されています。キューバにおける人種差別撤廃運動は、アフロ・キューバンの施設の設立を禁止する理由として使われた（そして現在も使われている）。 多くの親は、キリスト教の洗礼を受けると受け継ぐ苦労を子供に負わせたくないと考え、そのような育て方をしなかったのである。 1971年、ハバナ大司教区は7000人の洗礼者を報告したが、1989年には27609人、1991年には33569人に増加した。

1985年、ハバナの国家評議会は『フィデルと宗教』というベストセラー本を出版した。これはフィデル・カストロとフレイ・ベットというブラジル人解放神学修道士の23時間に及ぶインタビューの要約原稿で、彼は出版物の外で、以下の理由で共産党員から無神論者を排除した責任があると主張したのだった。

私たちが要求していたのは、マルクス・レーニン主義の完全な遵守でした。.. 入党する者は、すべての点で党の方針と教義を受け入れることになっていた。

その後、ソ連崩壊後、国家は宗教に対してより融和的な姿勢をとり、無神論の推進を弱めていくことになる。 1991年11月、共産党は信者の入党を認めるようになった。 1992年7月、憲法が改正され、キューバがマルクス・レーニン主義に基づく国家であるという定義が削除され、宗教的信念に基づく差別を禁止する第42条が加えられた。

しかし、30年にわたる国家無神論から1990年代初頭までに、キューバ社会はほぼ完全に世俗化された。 1998年以降、規制は緩和され、信仰の権利に対する国家機関の挑戦も緩和されましたが、教会は依然として文書や電子的なコミュニケーションに制限を受け、国が承認した資金源からしか寄付を受けることができません。 カトリック教会は、ハバナ大司教区のハイメ・ルーカス・オルテガ・イ・アラミノ枢機卿を中心とするキューバ・カトリック司教協議会（COCC）で構成されています。 11の教区、56の修道女会、24の司祭会がある。

キューバ司教協議会は、アメリカの対キューバ禁輸を非常に批判し、国民全体がそのために苦しんでいると主張している。 米国カトリック司教協議会はその影響を受け、食料と医薬品を禁輸の対象から外すべきだと主張している。

1998年1月、キューバ政府とカトリック教会の招きで、ローマ法王ヨハネ・パウロ二世が同島を歴史的訪問をした。 訪問中にアメリカの封鎖を批判した。

2008年10月20日、ラウル・カストロが出席した公式式典で、キューバ初の正教会がオープンした。