キノコバエ科のキノコバエは害虫の可能性があります。 健康な植物や人間には無害ですが、苗木に大きな被害を与えることがあり、その存在はより深刻な問題を示しています。 観葉植物の場合、水のやりすぎで根が腐ったり、飽和した表土のカビに引き寄せられたりしている可能性があります。 そのため、土壌を乾燥させることで、その数を減らすことができる。 また、植物の周りの土の上に砂や室内用マルチを敷く、ヒポアスピスマイルダニを導入する、ブヨの幼虫を殺すために生物学的殺虫剤バシルス・チューリンゲンシス（var. israelensis）を適用する、殺虫石鹸を毎年土壌に垂らす、などで害虫を対処することもある。 過酸化水素を水と混合し、3％の過酸化水素1部を4部の水と混合して、土壌に塗布することで、感染した土壌中のキノコバエの幼虫を殺すのに使用できます。 成虫は黄色の色に引き寄せられるので、黄色のカードストックまたは粘着剤でコーティングされた厚紙で作られた粘着トラップで捕らえることができます。

ブヨは飛ぶ力が弱いので、扇形トラップだけでなく、他の殺蠅器を使用して、特に屋内の自由に飛ぶブヨを制御するのに役立つことがあります。 線虫、珪藻土、または粉末シナモンなど、sciaridsとその幼虫を制御するための多くの有毒および非毒な方法があります。

商業温室は通常、菌類ブヨとその幼虫の制御のために昆虫成長制御剤ジフルベンズロンを採用しています。 これは、感染した土壌に適用され、1回の適用から30～60日間、菌類ブヨの幼虫を殺すことができます。 その作用機序はキチンの生成と沈着を阻害し、また昆虫の幼虫が適切に形成された外骨格を持たずに早期に脱皮することを誘発し、幼虫を死亡させることである。 フナクイムシの幼虫を対象としているが、水生無脊椎動物に対する毒性は強いので、散布には注意が必要である。 ジフルベンズロンは通常、成虫には毒性を示さず、幼虫にのみ影響を与える。