ウガンダは1962年の独立以来、断続的な紛争に見舞われています。 1967年、初代首相のミルトン・オボテ博士は、初代大統領のエドワード・ムテサ2世を倒し、ウガンダの共和制を宣言しました。 その後、イディ・アミン政権（1971年〜1979年）を含む複数の軍事クーデターと暴力政権が続き、何十万人もの死者とウガンダ人の長期にわたる苦しみをもたらしてきました。

最も新しいクーデターは1986年で、ヨウェリ・ムセベニ現大統領が権力を握りました。 ムセベニ政権は、国内のさまざまなグループからの武装した反対勢力に直面しています。 1990年代以降、ウガンダは多くの内戦に巻き込まれ、最も長引いたのは、十戒に基づく国家の樹立を目的とするジョセフ・コニーの「神の抵抗軍（LRA）」との20年に及ぶ戦争であった。 LRAは、子ども兵士や性奴隷として働くために6万人の子どもを拉致したことで悪名高い存在となった。

2006年から2008年にかけてのジュバ和平交渉の後、安定した時期がありましたが、ガランバの隠れ家でLRAを一掃するための軍事攻撃に失敗し、中央アフリカ共和国とコンゴ民主共和国の一部で現在の侵略につながると、すぐに暴力が再開されました。 2017年現在、下級指揮官のドミニク・オングウェン1人だけが、国際刑事裁判所で裁判を受けている。 しかし、コニーは依然として逃亡中である。 米国が支援するアフリカ連合地域タスクフォースはグループを押し戻し、2017年5月にミッションの完了を発表した。 しかし、一部のアナリストは、CARにおける活発な分裂が復活の可能性を指摘していると主張している。

民主主義と人権に対する以前のコミットメントにもかかわらず、ムセベニはまた、彼の任期制限を廃止した。 彼の複数の再選挙は、不正選挙と暴力の非難で傷つけられてきた。 2016年には、対立候補であったキザ・ベシゲ博士とその支持者が治安部隊から暴力的な嫌がらせを受け、一見無差別に振る舞っているように見えました。 2017年9月の時点で、ムセベニは、ウガンダの大統領職の任期制限を撤廃し、終身雇用に道を開くために、憲法102条（b）を改正するために国会で強引な動きに乗り出しました。

また、100万人のスーダン難民が内戦からウガンダに逃れており、ウガンダの国家と社会にさらなる圧力をかけている

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