1830年10月10日、スペインのフェルディナンド7世とナポリのマリア・クリスティーナの娘としてマドリードで生まれた。 叔父のドン・カルロスは彼女の王位継承権を認めず、1833年末のフェルディナンドの死後、ドン・カルロス支持の保守派と、王女と母摂政女王を支持する自由主義派の間で激しい内戦が繰り広げられることになった。 1839年にカール派は敗北したが、翌年、自由主義派で国内最強の将軍だったバルドメロ・エスパルテロは、マリア・クリスティーナをスペインから追い出した。

3年後、保守派はエスパルテロとそのリベラル派を倒し、1843年11月8日、13歳のイサベラは法的に成人と認められ、王妃に即位した。 イサベラの教育は貧弱で、字もほとんど読めず、どう見ても無知であった。 しかし、彼女は非常に魅力的で、まったくもって魅力的だった。 1843年から1868年まで、イサベラは王位についたが、統治はしなかった。 1846年10月10日、イサベラは従兄弟のフランシスコ・デ・アシスと結婚した。 16歳の魅力的な彼女は、寛大で親しみやすく、ダンスが好きで、色気もあった。気弱で女々しいフランシスコは、彼女を大いに失望させるものだった。 結婚式の翌日、彼は王妃の宿舎から退去し、最初の恋人であるハンサムなセラーノ将軍が引っ越してきた。 彼は最初の恋人となり、彼女の活発な性生活（あるいはイギリス人観察者は彼女を「ひどい体質」と呼んだ）がヨーロッパ中の話題となるまで、多くの恋人が生まれた。

イサベラのスキャンダラスな私生活、彼女の反自由主義、そして1866年のスペイン経済危機は、1868年9月に民衆革命を引き起こした。 イサベラはフランスに亡命し、1870年6月25日に退位して息子のアルフォンソ12世に譲った。 1873年に成立した共和制が廃止され、1875年初めにアルフォンソ12世がスペイン国王に即位した。

亡命中もイザベラは男性を楽しませ、ダンスを好んだ。 しかし、1898年のスペインの敗戦は彼女の精神を崩壊させたようで、その年以降、健康を害し始め、1904年4月19日にパリの自宅で死去した。