Nonostante la mancanza di precipitazioni, la vegetazione naturale dell’Egitto è varia. Gran parte del deserto occidentale è totalmente privo di qualsiasi tipo di vita vegetale, ma dove esiste qualche forma di acqua si trova la solita crescita desertica di piante perenni ed erbe; la fascia costiera ha una ricca vita vegetale in primavera. Il deserto orientale riceve scarse precipitazioni, ma supporta una vegetazione varia che include tamerici, acacie e markh (un albero senza foglie e senza spine con rami nudi e ramoscelli sottili), così come una grande varietà di arbusti spinosi, piccole piante grasse ed erbe aromatiche. Questa crescita è ancora più impressionante negli uadi delle colline del Mar Rosso e del Sinai e nei monti ʿIlbah (Elba) nel sud-est.

Il Nilo e i canali di irrigazione sostengono molte varietà di piante acquatiche; il loto dell’antichità si trova nei canali di scolo del delta. Ci sono più di 100 tipi di erbe, tra cui il bambù e lo sparto (ḥalfāʾ), un’erba grossolana e lunga che cresce vicino all’acqua. Robuste canne perenni come la canna spagnola e la canna comune sono ampiamente distribuite nel Basso Egitto, ma il papiro, coltivato nell’antichità, si trova ora solo nei giardini botanici.

La palma da dattero, sia coltivata che subspontanea, si trova in tutto il delta, nella valle del Nilo e nelle oasi. La palma doum (Hyphaene thebaica; una palma a ventaglio africana) è identificata in particolare con l’Alto Egitto (la parte meridionale della valle del Nilo) e le oasi, anche se ci sono esempi sparsi altrove.

Ci sono pochissimi alberi nativi. Il ginepro fenicio è l’unica conifera nativa, anche se ci sono diverse specie di conifere coltivate. L’acacia è ampiamente distribuita, così come l’eucalipto e il sicomoro. Diverse specie del genere Casuarina (ordine beefwood), importate nel XIX secolo, sono oggi gli alberi da legname più importanti del paese. Altre importazioni straniere, come la jacaranda, la poinciana reale (un albero con fiori arancioni o scarlatti), e il lebbek (Albizia lebbek; un albero leguminoso), sono diventati un elemento caratteristico del paesaggio egiziano.

Gli animali domestici includono bufali, cammelli, asini, pecore e capre, gli ultimi dei quali sono particolarmente evidenti nella campagna egiziana. Gli animali che figurano così prominentemente sui fregi dell’antico Egitto – ippopotami, giraffe e struzzi – non esistono più in Egitto; i coccodrilli si trovano solo a sud della diga di Aswān. L’animale selvatico più grande è l’aoudad (un tipo di pecora barbuta), che sopravvive nei dirupi meridionali del deserto occidentale. Altri animali del deserto sono la gazzella Dorcas, il fennec (una piccola volpe che vive nel deserto), lo stambecco nubiano, la lepre egiziana, e due tipi di jerboa (un roditore simile al topo con lunghe zampe posteriori per saltare). Lo sciacallo egiziano (Canis lupaster) esiste ancora, e l’irace si trova nelle montagne del Sinai. Ci sono due mammiferi carnivori: il gatto Caffre, un piccolo predatore felino, e l’ichneumon, o mangusta egiziana. Si trovano diverse varietà di lucertole, tra cui il grande monitor. I serpenti velenosi includono più di una specie di vipera; il serpente maculato si trova in tutta la valle del Nilo e il cobra egiziano (Naje haje) nelle zone agricole. Gli scorpioni sono comuni nelle regioni desertiche. Ci sono numerose specie di roditori. Si trovano molte varietà di insetti, tra cui la locusta.

L’Egitto è ricco di uccelli. Molti uccelli passano in gran numero durante le loro migrazioni primaverili e autunnali; in tutto, ci sono più di 200 tipi di uccelli migratori da vedere, oltre a più di 150 uccelli residenti. La cornacchia incappucciata è un abitante familiare, e il nibbio nero è caratteristico lungo la valle del Nilo e ad Al-Fayyūm. Tra i rapaci ci sono il falco lanario e il gheppio. Nel deserto orientale e nella penisola del Sinai vivono i gipeti e le aquile reali. L’ibis sacro (un trampoliere dal becco lungo associato all’antico Egitto) non si trova più, ma l’airone bianco maggiore e l’airone guardabuoi appaiono nella valle del Nilo e ad Al-Fayyūm, così come l’upupa (un uccello con una cresta erettile a ventaglio). Gli uccelli del deserto residenti sono una categoria distinta, che conta circa 24 tipi.

Il Nilo contiene circa 190 varietà di pesci, i più comuni sono il bulṭī (Tilapia nilotica; un pesce a squame grosse, con le pinne spinose) e il persico del Nilo. I laghi sulla costa del delta contengono principalmente būrī (cefalo). Il lago Qārūn nel governatorato di Al-Fayyūm (muḥāfaẓah) è stato ripopolato con būrī e il lago Nasser con bulṭī, che crescono molto grandi nelle sue acque.