I moscerini dei funghi della famiglia Sciaridae possono essere infestanti. Sono tipicamente innocui per le piante sane – e per l’uomo – ma possono infliggere ingenti danni alle piantine; la loro presenza può indicare problemi più seri. Nelle piante d’appartamento, la presenza di sciaridi può indicare un eccesso d’acqua; possono nutrirsi di radici che sono state immerse nell’acqua troppo a lungo e che quindi stanno marcendo, o i moscerini possono essere attratti da funghi che crescono nel terriccio saturo. Di conseguenza, lasciare asciugare il terreno può ridurre il loro numero. I parassiti sono a volte gestiti anche mettendo uno strato di sabbia o pacciamatura interna sopra il terreno intorno alle piante; introducendo acari Hypoaspis miles o applicando il larvicida biologico Bacillus thuringiensis (var. israelensis) per uccidere le larve dei moscerini; inzuppando il terreno ogni anno in un sapone insetticida. Il perossido di idrogeno può essere mescolato con acqua e usato per uccidere le larve di moscerino nel terreno infetto con una miscela di una parte di perossido di idrogeno al 3% mescolata con quattro parti di acqua, poi applicata al terreno. Gli adulti possono essere intrappolati con trappole appiccicose fatte di cartoncino giallo o carta pesante rivestita di un adesivo, dato che gli adulti sono attratti dal colore giallo.

Siccome i moscerini sono deboli volatori, le trappole a ventaglio così come altri dispositivi per uccidere la mosca possono essere usati per aiutare a controllare i moscerini che volano liberamente, specialmente in interni. Ci sono un certo numero di metodi tossici e non tossici per controllare gli sciaridi e le loro larve, compresi i nematodi, la terra diatomacea o la cannella in polvere.

Le serre commerciali tipicamente impiegano il regolatore di crescita degli insetti diflubenzuron per il controllo dei moscerini dei funghi e delle loro larve. Viene applicato al terreno infetto e uccide le larve di moscerino dei funghi per 30-60 giorni da una singola applicazione. Il suo meccanismo d’azione è quello di interferire con la produzione e il deposito di chitina e innesca anche le larve dell’insetto a mutare presto senza un esoscheletro adeguatamente formato, con conseguente morte delle larve. Sebbene sia mirato alle larve di moscerino dei funghi, bisogna fare attenzione nell’applicarlo perché è altamente tossico per gli invertebrati acquatici. Diflubenzuron in genere non ha effetto tossico sugli adulti; solo le larve sono colpite.