Clinical Information
L’analisi microarray cromosomica (array comparative genomic hybridization, aCGH) è utile per rilevare anomalie copynumber clinicamente significative in pazienti con caratteristiche fenotipiche suggestive di un riarrangiamento cromosomico congenito. Il microarray consente un’indagine dell’intero genoma ad altissima risoluzione ed è attualmente raccomandato dall’American College of MedicalGenetics come test di primo livello per alcuni pazienti.
La porzione SNP (polimorfismo a singolo nucleotide) del microarray consente di rilevare le regioni con assenza di eterozigosi (AOH). Lunghi tratti continui che mostrano AOH indicano risultati di potenziale significato clinico relativi a due classi di disturbi:
- Quelli che coinvolgono regioni genomiche impresse (risultanti da disomia uniparentale o UPD) e
- Disturbi recettivi (risultanti da UPD o identità per discendenza).
Il microarray SNP può fornire risultati coerenti con la consanguineità (cioè i genitori sono strettamente correlati). La consulenza pre-test dovrebbe affrontare questo problema. L’attuale piattaforma è la soluzione CytoScanHD (prodotta da Affymetrix). Il CytoScan HD si basa sull’analisi indipendente di due tipi di marcatori molecolari: 1,7 milioni di sonde oligonucleotidiche e 750.000 sonde SNP. Le sonde oligo coprono ogni regione nota per essere coinvolta in anomalie citogenetiche, comprese oltre 255 sindromi genetiche riconosciute, oltre 980 regioni geniche di importanza funzionale nello sviluppo umano, le regioni pericentromeriche e i subtelomeri.
Le sonde SNP hanno una spaziatura media di ~49 kb. Questa spaziatura permette di rilevare l’AOH con una risoluzione effettiva di circa 5-10 Mb in tutto il genoma.
L’analisi di ibridazione in situ a fluorescenza (FISH) può essere eseguita per i test di follow-up, se ritenuto opportuno. Inoltre, il test dei genitori può essere necessario in alcuni casi per chiarire una scoperta di significato sconosciuto.