Dopo la rivoluzione cubana del 1959, Cuba ha limitato la pratica religiosa, portando alla persecuzione di molti cattolici nelle università e nei luoghi di lavoro. Attraverso la sua costituzione, il governo riconosce il diritto dei cittadini di professare e praticare qualsiasi credo religioso nel quadro del rispetto della legge; tuttavia, in pratica, il governo impone restrizioni alla libertà religiosa.
Secondo alcuni studi si è cercato di collegare le religioni afro-cubane alla malattia mentale.La campagna per lo sradicamento della discriminazione razziale a Cuba è stata (ed è) usata come motivo per proibire la creazione di istituzioni afro-cubane, perché farlo è stato etichettato come razzialmente divisivo.
Gli anni ’70 furono turbolenti, e molti credenti decisero di nascondere la loro fede in risposta alla persecuzione statale. Molti genitori non volevano caricare i loro figli delle difficoltà che avrebbero ereditato se fossero stati battezzati come cristiani e quindi non li allevavano come tali. Nel 1971 l’arcidiocesi dell’Avana riportava solo 7000 battesimi, nel 1989 questa cifra è salita a 27 609 e nel 1991 a 33 569.
Nel 1985, il Consiglio di Stato dell’Avana pubblicò un best-seller intitolato Fidel e la religione, che era la trascrizione abbreviata di 23 ore di interviste tra Fidel Castro e un frate brasiliano della teologia della liberazione di nome Frei Betto, che all’esterno della pubblicazione si attribuiva la responsabilità di escludere i non atei dall’iscrizione al partito comunista con la motivazione che:
Quello che chiedevamo era la piena adesione al marxismo-leninismo… Chiunque entrasse nel partito doveva accettare la politica e la dottrina del partito sotto tutti gli aspetti.
Negli anni successivi e dopo il crollo dell’Unione Sovietica, lo stato adottò una posizione più conciliante verso la religione e diminuì la sua promozione dell’ateismo. Nel novembre 1991, il partito comunista ha iniziato ad ammettere i credenti nelle sue file. Nel luglio 1992, la Costituzione è stata emendata per rimuovere la definizione di Cuba come uno stato basato sul marxismo-leninismo, ed è stato aggiunto l’articolo 42, che vieta la discriminazione sulla base del credo religioso.
Tuttavia, all’inizio degli anni ’90, dopo tre decenni di ateismo di stato, la società cubana era diventata quasi totalmente secolarizzata. La frequentazione settimanale della chiesa sull’isola di 11 milioni di abitanti è stata stimata a circa 250.000 o circa il 2% della popolazione (con una divisione equa tra cattolici e protestanti).Cuba aveva meno sacerdoti pro capite di qualsiasi altro paese dell’America Latina.
Dal 1998 le restrizioni sono state allentate e anche le sfide da parte delle istituzioni statali al diritto di credere si sono attenuate, sebbene la chiesa debba ancora affrontare restrizioni sulla comunicazione scritta ed elettronica e possa accettare donazioni solo da fonti di finanziamento approvate dallo stato. La Chiesa cattolica è composta dalla Conferenza episcopale di Cuba (COCC), guidata da Jaime Lucas Ortega y Alamino, cardinale arcivescovo dell’Avana. Ha undici diocesi, 56 ordini di suore e 24 ordini di sacerdoti.
La Conferenza Episcopale Cubana è stata molto critica nei confronti dell’embargo statunitense contro Cuba e ha affermato che l’intera popolazione ne ha sofferto. La Conferenza dei vescovi cattolici degli Stati Uniti è stata influenzata da questo e ha sostenuto che cibo e medicine dovrebbero essere esclusi dall’embargo.
Nel gennaio 1998, Papa Giovanni Paolo II fece una visita storica nell’isola su invito del governo cubano e della Chiesa cattolica. Ha criticato il blocco degli Stati Uniti durante la sua visita.
Il 20 ottobre 2008, la prima chiesa ortodossa a Cuba è stata aperta durante una cerimonia ufficiale alla quale ha partecipato Raúl Castro.