Loggains è stato il coordinatore offensivo dei Tennessee Titans dal 2012-2013 come parte del coaching staff di Mike Munchak. Giorni dopo che Ken Whisenhunt assunse il ruolo di capo allenatore dei Titans nel 2014, Loggains fu informato che non sarebbe rimasto nell’organizzazione. In precedenza era stato l’allenatore dei quarterback della squadra.
Loggains ha passato il 2014 come quarterbacks coach dei Cleveland Browns. Fu un sostenitore del draft del quarterback del Texas A&M Johnny Manziel.
L’anno successivo Loggains era alla ricerca di un lavoro. Fu intervistato per un lavoro di coordinatore offensivo dai New York Giants, ma fu invece assunto dai Bears il 23 gennaio 2015 come quarterbacks coach. Sotto il timone di Loggains, il quarterback Jay Cutler ebbe una delle sue migliori stagioni in quanto concluse il 2015 con 3.629 yard passate, 21 touchdown, 11 intercetti e i massimi in carriera nel passer rating (92,3) e nella percentuale di completamento (64,4). Gli 11 intercetti furono i più bassi della sua carriera e portarono a una percentuale di intercetti di 2,3, la più bassa in una stagione in cui ha iniziato almeno 12 partite, mentre 21 touchdown furono i suoi secondi dal 2011 e le 3.629 yard furono le terze in carriera. Al terzo down, Cutler aveva un passer rating di 103,2 (quarto nella NFL) dopo aver completato 91 di 141 passaggi per 1.242 yard, sette touchdown e due intercetti. Al contrario, contro i Seattle Seahawks il quarterback di riserva Jimmy Clausen completò 9 di 17 passaggi per 63 yard, e compresi i sacks, registrò 48 yard nette di passaggio, la seconda volta dalla stagione 1990 che i Bears ebbero meno di 50 yard nette di passaggio. I Bears terminarono l’anno con 228,9 yard di passaggio a partita, al 23° posto nella lega, con il gruppo di quarterbacking che aveva una percentuale di completamento combinata del 63,9 e una percentuale di intercetti del 2,3, entrambe al terzo posto nella storia della squadra, insieme a 3.843 yard di passaggio lorde e una percentuale del 42.5 percentuali di terzo down (quarto), 3.660 yard nette di passaggio (quinto), insieme a 5.514 yard totali nette e un 89,7 passer rating (sesto).
Loggains fu promosso a coordinatore offensivo l’11 gennaio 2016 quando Adam Gase lasciò la posizione per diventare il capo allenatore dei Miami Dolphins. I Bears faticarono durante il mandato di Loggains come OC, con una classifica del novembre 2017 di ESPN che lo collocava all’ultimo posto tra 32 playcallers, mentre l’attacco terminò la stagione 2017 con una media di soli 16,5 punti a partita (29° nella lega). Dopo che l’head coach John Fox fu licenziato, Loggains si riunì con Gase a Miami, ottenendo un altro incarico di coordinatore offensivo.
Il 23 gennaio 2019, Loggains si riunì con Adam Gase ancora una volta dopo essere stato assunto come coordinatore offensivo/quarterbacks coach per i New York Jets.Il 25 ottobre 2020, in previsione del matchup della settimana 7 contro i Buffalo Bills, l’head coach Adam Gase cedette i compiti di play calling offensivo e li affidò a Loggains. Nonostante una forte prestazione nel primo tempo con un vantaggio di 10-6, Loggains non riuscì a guadagnare slancio nel secondo tempo, culminando in una perdita di 18-10 contro Buffalo. Il 28 ottobre 2020, in vista del matchup contro i Kansas City Chiefs, fu riferito che Loggains avrebbe nuovamente ricevuto i compiti di chiamata dei giochi offensivi.