I crani delle diverse sottoclassi e ordini variano nei modi menzionati qui sotto. Oltre alle differenze nelle aperture sul lato del cranio e nella forma e dimensione generale, le variazioni più significative nei crani dei rettili sono quelle che riguardano i movimenti all’interno del cranio.

Come gruppo, i crani dei rettili differiscono da quelli dei primi anfibi. I rettili mancano di un incavo ottico (una rientranza nella parte posteriore del cranio) e di diverse piccole ossa nella parte posteriore del tetto del cranio. I crani dei rettili moderni sono anche nettamente separati da quelli dei mammiferi in molti modi, ma le differenze più chiare si verificano nella mascella inferiore e nelle regioni adiacenti. I rettili hanno un certo numero di ossa nella mascella inferiore, solo una delle quali, il dentario, porta i denti. Dietro il dentario un piccolo osso, l’articolare, forma un’articolazione con l’osso quadrato vicino alla parte posteriore del cranio. Al contrario, la mascella inferiore di un mammifero è costituita da un solo osso, il dentario; l’articolare e il quadrato sono diventati parte della catena di ossicini dell’orecchio medio. Una transizione quasi completa tra queste due disposizioni molto diverse è nota dai fossili dei primi sinapsidi (ordine Therapsida).

La dentizione della maggior parte dei rettili mostra poca specializzazione in una determinata fila di denti. Una dentizione che divide i gruppi di denti in incisivi distinti, canini simili a zanne e molari a corona piatta si verifica nei mammiferi, ma non nei rettili. Invece, l’intera fila di denti è di solito costituita da lunghi denti conici. I serpenti velenosi hanno una o più zanne cave o scanalate, ma hanno la stessa forma della maggior parte dei denti dei serpenti. Le principali differenze tra le specie risiedono nel numero, nella lunghezza e nella posizione dei denti. I coccodrilli tra le forme viventi e i dinosauri tra le forme estinte hanno solo una singola fila di denti superiore e una singola fila di denti inferiore. I serpenti e molti gruppi di rettili estinti hanno denti sulle ossa palatali (vomere, palatino, pterigoide) e sulle ossa della mascella superiore (premascella, mascella). Tuttavia, solo una fila di denti è presente sulla mascella inferiore.

I lucertoloni hanno denti bicuspidi o tricuspidi conici o bladelike. Alcune specie hanno denti conici nella parte anteriore delle mascelle e denti cuspidi verso la parte posteriore, ma questi ultimi non sono paragonabili ai molari dei mammiferi né per forma né per funzione. (Le tartarughe, ad eccezione delle prime specie estinte, non hanno denti. Invece, hanno piastre cornee superiori e inferiori che servono a mordere pezzi di cibo.

I denti dei rettili sono anche meno specializzati in funzione dei denti dei mammiferi. I rettili carnivori più grandi sono equipaggiati solo per strappare o mordere grandi pezzi della loro preda e ingoiarli senza masticare. Le lucertole insettivore, che costituiscono la maggioranza di tutte le lucertole, di solito rompono l’esoscheletro della loro preda insetto, e poi ingoiano la preda senza macinarla. I serpenti ingoiano semplicemente le loro prede intere senza alcuna riduzione meccanica, anche se le ferite da perforazione permettono agli enzimi digestivi di entrare nella preda per aiutare la digestione.

Molti rettili hanno sviluppato articolazioni (oltre alla cerniera della mascella inferiore) all’interno del cranio che permettono il leggero movimento di una parte rispetto alle altre. La capacità di tale movimento all’interno del cranio, chiamata cineside, permette ad un animale di aumentare la bocca e quindi è un adattamento per inghiottire grandi oggetti. Sembra che alcuni dei grandi dinosauri carnivori teropodi (come Allosaurus) avessero un giunto tra le ossa frontali e parietali nel tetto del cranio. Tutti i rettili del super ordine Lepidosauria (lucertole, serpenti e tuatara) hanno crani cinetici, ma differiscono dai dinosauri in quanto l’articolazione sul pavimento del cranio si verifica alla giunzione delle ossa basifenoidi e pterigoidi nei lepidosauri.

I crani dei lepidosauri divennero sempre più cinetici con l’evoluzione di nuovi gruppi. Gli Sphenodontia (che includono i tuatara viventi) e i loro antecedenti, i Rhynchocephalia, avevano solo l’articolazione base-fenoidea-pterigoidea. Le lucertole hanno perso la barra temporale inferiore, liberando così l’osso quadrato e permettendo un maggiore movimento alla mascella inferiore, che è incernierata al quadrato. Infine, nei serpenti, questa tendenza culmina nel cranio più cinetico tra i vertebrati. I crani dei serpenti possiedono la base ancestrale articolazione fenoidale-pterigoidea, un quadrato altamente mobile (che dà ancora più mobilità alla mascella inferiore), e mascelle superiori in grado di ruotare sui loro assi longitudinali e di muoversi sia in avanti che indietro. Molte specie di serpenti hanno anche una cerniera sul tetto del cranio tra le ossa nasali e frontali che permette al muso di essere leggermente sollevato. In breve, l’unica parte del cranio di un serpente incapace di muoversi è la scatola cranica.