L’Accademia Militare della Carolina del Sud era un’istituzione predecessore, con due campus, di The Citadel. Fu fondata nel 1842 dalla legislatura della Carolina del Sud.
La Carolina del Sud aveva costruito una serie di arsenali in tutto lo stato dopo la rivolta degli schiavi pianificata da Denmark Vesey nel 1822; questi furono consolidati negli arsenali di Columbia e Charleston. Non più visti come militarmente necessari, divennero nel 1842 l’Accademia Militare della Carolina del Sud, composta dall’Accademia dell’Arsenale di Columbia e dall’Accademia della Cittadella di Charleston. Durante la guerra civile gli studenti di entrambe servirono come Battaglione di Cadetti dello Stato; le lezioni continuarono, con interruzioni. I cadetti della SCMA spararono i primi colpi della guerra civile il 9 gennaio 1861 mentre presidiavano una postazione di tiro sull’isola di Morris, nella Carolina del Sud, che bombardò il piroscafo dell’Unione Star of the West; il Battaglione dei Cadetti di Stato costituì oltre un terzo della forza confederata che difese un ponte ferroviario strategico nella battaglia di Tulifinny nel 1864, l’unica occasione in cui l’intero corpo studentesco di un college americano combatté in combattimento.
L’Accademia dell’Arsenale fu bruciata dalle truppe dell’Unione nel 1865 e non fu mai riaperta; l’unico edificio sopravvissuto divenne il palazzo del governatore della Carolina del Sud. La Citadel Academy e la South Carolina Military Academy chiusero nel 1865; i suoi edifici rimasero in mani federali fino al 1882. Un atto del 1882 della legislatura della Carolina del Sud riaprì l’Accademia Militare della Carolina del Sud, utilizzando solo il campus di Charleston. Conosciuta comunemente come The Citadel Academy, la scuola fu rinominata nel 1910 come The Citadel, dopo che il nome “Academy” divenne comune alle scuole superiori piuttosto che ai college.