Az 1959-es kubai forradalom után Kuba korlátozta a vallásgyakorlást, ami sok katolikus üldözéséhez vezetett az egyetemeken és a munkahelyeken. A kormány alkotmányában elismeri az állampolgárok jogát arra, hogy a törvények tiszteletben tartása mellett bármilyen vallási meggyőződést valljanak és gyakoroljanak; a gyakorlatban azonban a kormány korlátozza a vallásszabadságot.

A jelentések szerint tanulmányok megpróbálták az afro-kubai vallásokat összekapcsolni a mentális betegségekkel.A kubai faji megkülönböztetés felszámolására irányuló kampányt arra használták (és használják), hogy megtiltják az afro-kubai intézmények létrehozását, mivel ezt faji megosztásnak bélyegezték.

A hetvenes évek viharos volt, és sok hívő úgy döntött, hogy az állami üldöztetésre válaszul elrejti hitét. Sok szülő nem akarta gyermekét terhelni azokkal a nehézségekkel, amelyeket akkor örökölnének, ha kereszténynek keresztelkednének, és ezért nem is nevelték így. 1971-ben a havannai érsekség csak 7000 keresztelésről számolt be. 1989-ben ez a szám 27 609-re, 1991-ben pedig 33 569-re emelkedett.

1985-ben a havannai Államtanács kiadta a Fidel és a vallás című bestsellert, amely Fidel Castro és egy Frei Betto nevű brazil felszabadítási teológus szerzetes 23 órás interjújának rövidített leirata volt, aki a kiadványon kívül felelősséget vállalt azért, hogy a nem ateistákat kizárta a kommunista párttagságból azzal az indokkal, hogy:

Amit mi követeltünk, az a marxizmus-leninizmushoz való teljes ragaszkodás volt… Aki belépett a pártba, annak minden tekintetben el kellett fogadnia a párt politikáját és doktrínáját.

A következő években és a Szovjetunió összeomlása után az állam békülékenyebb álláspontra helyezkedett a vallással szemben, és csökkentette az ateizmus népszerűsítését. 1991 novemberében a Kommunista Párt elkezdte beengedni a hívőket a soraiba. 1992 júliusában módosították az alkotmányt, és törölték a marxizmus-leninizmuson alapuló kubai állam meghatározását, valamint kiegészítették a 42. cikkel, amely tiltja a vallási meggyőződésen alapuló megkülönböztetést.

Az 1990-es évek elejére azonban az állami ateizmus három évtizede után a kubai társadalom szinte teljesen szekularizálódott. A 11 millió lakosú szigeten a heti egyházlátogatók száma a becslések szerint körülbelül 250 000 volt, ami a lakosság mintegy 2%-a (a katolikusok és a protestánsok között egyenletesen oszlik meg).Kubában egy főre vetítve kevesebb pap volt, mint bármely más latin-amerikai országban.

1998 óta enyhültek a korlátozások, és az állami intézmények által a hithez való joggal szemben támasztott kihívások is enyhültek, bár az egyháznak továbbra is korlátozásokkal kell szembenéznie az írásbeli és elektronikus kommunikáció terén, és csak államilag jóváhagyott finanszírozási forrásokból fogadhat el adományokat. A katolikus egyházat a Kubai Katolikus Püspöki Konferencia (COCC) alkotja, amelyet Jaime Lucas Ortega y Alamino, Havanna bíboros érseke vezet. Tizenegy egyházmegye, 56 apácarend és 24 papi rend tartozik hozzá.

A kubai püspöki konferencia nagyon kritikusan nyilatkozott a Kuba elleni amerikai embargóról, és azt állította, hogy az egész lakosság szenvedett tőle. Az Egyesült Államok Katolikus Püspöki Konferenciáját ez befolyásolta, és amellett érvelt, hogy az élelmiszereket és a gyógyszereket ki kellene venni az embargóból.

1998 januárjában II. János Pál pápa történelmi látogatást tett a szigeten a kubai kormány és a katolikus egyház meghívására. Látogatása során bírálta az amerikai blokádot.

2008. október 20-án hivatalos ünnepség keretében, Raúl Castro részvételével megnyílt az első ortodox templom Kubában.