Uganda 1962-es függetlenné válása óta időszakos konfliktusoktól szenved. 1967-ben az első miniszterelnök, Dr. Milton Obote megbuktatta az ország első elnökét, Sir Edward Mutesa II-t, és Ugandát köztársasággá nyilvánította. Ezt követően több katonai puccs és erőszakos rendszer következett – köztük Idi Aminé (1971-1979) -, amelyek azóta több százezer ember halálát és az ugandaiak hosszan tartó szenvedését okozták. A függetlenség óta eltelt 55 évben az ország még mindig nem volt tanúja annak, hogy a hatalom demokratikusan átkerüljön egyik vezetőről a másikra.

A legutóbbi, 1986-os puccs a jelenlegi elnököt, Yoweri Musevenit juttatta hatalomra. Kormánya országszerte különböző csoportok fegyveres ellenállásába ütközött. Egy hibrid diktatúra és manipuláció révén Museveni az elmúlt 31 év alatt szorosan kézben tartotta a hatalom köpenyét az országban.
Az 1990-es évek óta Uganda több polgárháborúban is részt vett, a leghosszabb a Joseph Kony által vezetett Lord’s Resistance Army (LRA) elleni 20 éves háború volt, amelynek célja a Tízparancsolaton alapuló állam létrehozása volt. Az LRA hírhedté vált arról, hogy 60 000 gyermeket raboltak el, hogy gyermekkatonaként és szexrabszolgaként szolgáljanak.

A 2006 és 2008 közötti jubai béketárgyalásokat egy stabil időszak követte, de az erőszak hamarosan újraindult, miután az LRA Garambában lévő rejtekhelyeiről kudarcot vallott katonai offenzíva kiirtotta az LRA-t, ami a Közép-afrikai Köztársaságba és a Kongói Demokratikus Köztársaság egyes részeibe történő jelenlegi betöréseihez vezetett.

2005-ben az LRA öt vezetőjét háborús bűnök és emberiesség elleni bűncselekmények miatt vád alá helyezték. 2017-ben már csak egy alacsonyabb rangú parancsnok, Dominic Ongwen állt bíróság elé a Nemzetközi Büntetőbíróságon. Kony azonban továbbra is szabadlábon van. Az Egyesült Államok által támogatott Afrikai Unió regionális munkacsoportja visszaszorította a csoportot, és 2017 májusában bejelentette küldetésének befejezését. Egyes elemzők azonban azt állítják, hogy a Közép-afrikai Köztársaságban zajló aktív szakadások az újjáalakulás lehetőségére utalnak.

A demokrácia és az emberi jogok melletti korábbi elkötelezettségei ellenére Museveni eltörölte a mandátumkorlátozását is. Többszöri újraválasztását választási csalással és erőszakkal kapcsolatos vádak árnyékolták be. 2016-ban ellenfelét, Dr. Kizza Besigye-t és támogatóit a biztonsági erők erőszakosan zaklatták, látszólag büntetlenül eljárva. 2017 szeptemberétől Museveni erőteljes lépéseket tett a parlamentben, hogy módosítsa az alkotmány 102. cikkének b) pontját, hogy megszüntesse az ugandai elnöki tisztségre vonatkozó időkorlátokat, és megnyitja az utat az élethosszig tartó hivatalviselés előtt.

Egymillió szudáni menekült is menekült Ugandába a polgárháború elől, ami további nyomást gyakorol az ugandai államra és társadalomra.