A trágyát évszázadok óta használják trágyaként a mezőgazdaságban, mivel nitrogénben és más, a növények növekedését elősegítő tápanyagokban gazdag. A sertés/sertésüzemekből származó folyékony trágyát általában közvetlenül a talajba késztetik (injektálják), hogy csökkentsék a kellemetlen szagokat. A sertésekből és szarvasmarhákból származó trágyát trágyaszóró segítségével juttatják ki a földekre. A növényevők által fogyasztott fűfélék viszonylag alacsonyabb fehérjetartalma miatt a szarvasmarha-trágyának enyhébb szaga van, mint a húsevők trágyájának – az elefánttrágya például gyakorlatilag szagtalan. A szántóföldekre kijuttatott trágya mennyisége miatt azonban egyes mezőgazdasági régiókban a szaghatás problémát jelenthet. A baromfiürülék frissen káros a növényekre, de egy ideig tartó komposztálás után értékes trágya.
Az állatok szárított trágyáját a történelem során mindig is használták tüzelőanyagként. A tehenek szárított trágyája (általában trágya néven ismert) fontos tüzelőanyag volt és ma is az olyan országokban, mint India, míg a tevetrágyát fátlan területeken, például sivatagokban használhatják. Az Oregon Trail-en az úttörő családok a szűkös tűzifa helyett nagy mennyiségű “bivalytrágyát” gyűjtöttek. Sokféle célra használták, főzőtűzre és a hideg sivatagi éjszakák leküzdésére.
A trágya másik felhasználási módja a papírgyártás. Ezt az elefántok trágyájából csinálták, ahol ez egy kis iparág Afrikában és Ázsiában, valamint lovak, lámák és kenguruk trágyájából. A lámán kívül ezek az állatok nem kérődző állatok, így a növényi rostok általában emésztetlenül kerülnek a trágyájukba.