A csapadékhiány ellenére Egyiptom természetes növényzete változatos. A nyugati sivatag nagy része teljesen mentes mindenféle növényvilágtól, de ahol valamilyen formában van víz, ott az évelők és füvek szokásos sivatagi növényzete található; a tengerparti sávban tavasszal gazdag a növényvilág. A keleti sivatag kevés csapadékot kap, de változatos növényzetet tart fenn, amely magában foglalja a tamariszkuszt, az akácot és a markh-t (egy levéltelen, tövis nélküli fa csupasz ágakkal és karcsú gallyakkal), valamint a tüskés bokrok, kis szukkulensek és aromás fűszernövények nagy választékát. Ez a növényzet még szembetűnőbb a Vörös-tenger hegység és a Sínai-hegység wadijában, valamint a délkeleti ʿIlbah (Elba) hegységben.

A Nílus és az öntözőcsatornák és árkok a vízinövények számos fajtáját támogatják; az ókori lótusz a delta vízelvezető csatornáiban található. Több mint 100 féle fűféle van, köztük a bambusz és az esparto (ḥalfāʾ), egy durva, hosszú fű, amely a víz közelében nő. A robusztus évelő nád, mint a spanyol nád és a közönséges nád széles körben elterjedt Alsó-Egyiptomban, de az ókorban termesztett papirusz ma már csak botanikus kertekben található.

A datolyapálma, mind a termesztett, mind a szubspontán, az egész deltában, a Nílus völgyében és az oázisokban megtalálható. A doum-pálma (Hyphaene thebaica; afrikai legyezőpálma) különösen Felső-Egyiptommal (a Nílus-völgy déli része) és az oázisokkal azonosítható, bár elszórtan máshol is vannak példányai.

A honos fák száma nagyon alacsony. A föníciai boróka az egyetlen őshonos tűlevelű, bár számos termesztett tűlevelű faj létezik. Széles körben elterjedt az akác, az eukaliptusz és a platán. A 19. században behozott Casuarina nemzetség (marhafa rend) több faja ma az ország legfontosabb fafaja. Más külföldi importfajták, mint a jacaranda, a királyi poinciana (narancssárga vagy skarlátvörös virágú fa) és a lebbek (Albizia lebbek; hüvelyes fa) az egyiptomi táj jellegzetes vonásaivá váltak.

A háziállatok közé tartoznak a bivalyok, tevék, szamarak, juhok és kecskék, amelyek közül az utóbbiak különösen feltűnőek az egyiptomi vidéken. Az ókori egyiptomi frízeken oly hangsúlyosan szereplő állatok – hippopotámuszok, zsiráfok és struccok – ma már nem léteznek Egyiptomban; krokodilok csak az Aswān-főgáttól délre találhatók. A legnagyobb vadállat az aoudad (a szakállas juhok egy fajtája), amely a Nyugati-sivatag déli bástyáin él. További sivatagi állatok a dorkasz gazella, a fennec (kistestű, sivatagban élő róka), a núbiai ibex, az egyiptomi nyúl és kétféle jerboa (egérszerű rágcsáló, hosszú hátsó lábakkal az ugráshoz). Az egyiptomi sakál (Canis lupaster) még mindig létezik, a hirax pedig a Sínai-hegységben él. Két húsevő emlős létezik: a caffre macska, egy kis macskaféle ragadozó, és az ichneumon vagy egyiptomi mongúz. A gyíkok több fajtája is megtalálható, köztük a nagy monitor. A mérges kígyók közé több viperafaj tartozik; a pettyes kígyó az egész Nílus-völgyben megtalálható, az egyiptomi kobra (Naje haje) pedig a mezőgazdasági területeken. A skorpiók gyakoriak a sivatagi régiókban. A rágcsálóknak számos faja van. A rovarok számos fajtája megtalálható, beleértve a sáskát is.

Egyiptom gazdag madárvilágban. Sok madár nagy számban vonul át tavaszi és őszi vándorlása során; összesen több mint 200 vándorló madárfaj, valamint több mint 150 állandó madár látható. A csuklyás varjú jól ismert állandó lakóhely, a fekete sárkány pedig a Nílus völgye mentén és Al-Fayyūmban jellemző. A ragadozó madarak közül a lándzsás sólyom és a gólyatöcs. A keleti sivatagban és a Sínai-félszigeten lammergér és aranysas él. A szent ibisz (az ókori Egyiptomhoz kötődő hosszú csőrű szárnyas madár) ma már nem fordul elő, de a nagy fehér kócsag és a marhahajcsár a Nílus-völgyben és Al-Fayyūmban, valamint a karvaly (felálló, legyezőszerű címerrel rendelkező madár) előfordul. A sivatagban élő sivatagi madarak külön kategóriát alkotnak, mintegy 24 fajt számlálnak.

A Nílusban mintegy 190 halfaj található, a leggyakoribbak a bulṭī (Tilapia nilotica; durva pikkelyű, tüskés uszonyú hal) és a nílusi sügér. A delta partján lévő tavakban főleg būrī (szürke sügér) él. Az Al-Fayyūm kormányzóságban lévő Qārūn-tóba (muḥāfaẓah) būrīt, a Nasszer-tóba pedig bulṭīt telepítettek, amely nagyon nagyra nő a vizében.