A különböző alosztályok és rendek koponyája az alább említett módon különbözik. A koponya oldalsó nyílásaiban, valamint az általános alakban és méretben mutatkozó különbségeken kívül a hüllők koponyáinak legjelentősebb eltérései azok, amelyek a koponyán belüli mozgásokat érintik.

A hüllők koponyája mint csoport különbözik a korai kétéltűekétől. A hüllőkből hiányzik az otikus bevágás (a koponya hátsó részén lévő bemélyedés) és több kis csont a koponyatető hátsó részén. A modern hüllők koponyája is sok tekintetben élesen elkülönül az emlősökétől, de a legnyilvánvalóbb különbségek az alsó állkapocs és a szomszédos régiókban jelentkeznek. A hüllők alsó állkapcsában számos csont található, amelyek közül csak egy, a fogazat visel fogakat. A fogazat mögött egy kis csont, az ízületi csont, a koponya hátsó részéhez közeli négyfejű csonttal alkot ízületet. Ezzel szemben az emlősök alsó állkapcsát egyetlen csont, a fogazat alkotja; az ízületi és a kvadrát csont a középfülben lévő kis csontok láncolatának részévé vált. E két nagyon különböző elrendezés közötti majdnem teljes átmenetet a korai synapsidák (Therapsida rend) fosszíliáiból ismerjük.

A legtöbb hüllő fogazata kevés specializációt mutat egy adott fogsoron belül. Az emlősöknél előfordul a fogazat, amely a fogcsoportokat megkülönböztető, pengés metszőfogakra, agyarszerű szemfogakra és lapos koronájú őrlőfogakra osztja, de a hüllőknél nem fordul elő. Ehelyett a teljes fogsor általában hosszú, kúpos fogakból áll. A mérges kígyóknak egy vagy több üreges vagy barázdált agyara van, de ezek alakja megegyezik a legtöbb kígyófogéval. A fajok közötti fő különbségek a fogak számában, hosszában és elhelyezkedésében rejlenek. Az élő fajok közül a krokodiloknak és a kihalt fajok közül a dinoszauruszoknak csak egyetlen felső és egyetlen alsó fogsoruk van. A kígyóknak és számos kihalt hüllőcsoportnak a szájpadláscsontokon (vomer, palatinus, pterygoid) és a felső állkapocs csontjain (premaxilla, maxilla) vannak fogai. Az alsó állkapcson azonban csak egy fogsor van jelen.

A gyíkoknak kúp alakú vagy kékes két- vagy háromcsúcsú fogaik vannak. Egyes fajoknál az állkapocs elülső részén kúp alakú fogak, a hátsó részen pedig csúcsos fogak találhatók, de ez utóbbiak sem formájukban, sem funkciójukban nem hasonlíthatók az emlősök őrlőfogaihoz. (Nem lapos koronájúak, és nem használják őket a táplálék őrlésére.) A teknősöknek – a legkorábban kihalt fajok kivételével – nincsenek fogaik. Ehelyett felső és alsó szarulemezeik vannak, amelyek a táplálékdarabok leharapására szolgálnak.

A hüllők fogai funkciójukat tekintve is kevésbé specializáltak, mint az emlősök fogai. A nagyobb húsevő hüllők csak arra vannak felszerelve, hogy a zsákmányuk nagy darabjait letépjék vagy leharapják, és rágás nélkül lenyeljék. A rovarevő gyíkok, amelyek az összes gyík többségét alkotják, általában feltörik a rovar zsákmányuk külső vázát, majd aprítás nélkül lenyelik a zsákmányt. A kígyók egyszerűen egészben, mechanikus aprítás nélkül nyelik le zsákmányukat, bár a szúrt sebek lehetővé teszik az emésztőenzimek bejutását a zsákmányba, hogy segítsék az emésztést.

Néhány hüllőnél a koponyán belül (az alsó állkapocs csuklóján kívül) olyan ízületeket fejlesztettek ki, amelyek lehetővé teszik az egyik rész enyhe mozgását a többihez képest. A koponyán belüli ilyen mozgásra való képesség, amelyet kinezisznek nevezünk, lehetővé teszi az állat számára, hogy megnövelje a szája tátongását, és így alkalmazkodott a nagy tárgyak lenyeléséhez. Úgy tűnik, hogy a nagy húsevő theropoda dinoszauruszok némelyikének (például az Allosaurusnak) a koponya tetején volt egy ízület a homlokcsont és a falcsont között. A Lepidosauria szuperrend valamennyi hüllőjének (gyíkok, kígyók és tuatara) kinetikus koponyája van, de abban különböznek a dinoszauruszoktól, hogy a koponya fenekén lévő ízület a lepidosaurusoknál a bázisphenoid és a pterygoid csontok találkozásánál található.

A lepidosaurusok koponyája az új csoportok kialakulásával egyre inkább kinetikus lett. A Sphenodontia (amelyekhez az élő tuatara is tartozik ) és elődeik, a Rhynchocephalia, csak a basisphenoidalis-pterygoidalis ízülettel rendelkeztek. A gyíkok elvesztették az alsó halántékrudat, ezáltal felszabadult a kvadrátcsont, és nagyobb mozgást tett lehetővé az alsó állkapocs számára, amely csuklósan kapcsolódik a kvadrátcsonthoz. Végül a kígyókban ez a tendencia a gerincesek közül a legmozgékonyabb koponyában csúcsosodik ki. A kígyók koponyája rendelkezik az ősi alap-fenoidális-pterygoidális ízülettel, egy rendkívül mozgékony kvadrátcsonttal (amely még nagyobb mozgékonyságot biztosít az alsó állkapocsnak), és olyan felső állkapcsokkal, amelyek képesek a hossztengelyükön elfordulni és előre és hátrafelé mozogni. Sok kígyófajnak a koponya tetején az orr- és homlokcsontok között egy csukló is található, amely lehetővé teszi az ormány enyhe megemelését. Röviden, a kígyók koponyájának egyetlen mozgásra képtelen része az agykoponya.