A klamídiát diagnosztizálva a fent leírtak szerint könnyen kezelhető és gyógyítható. A klamídia komoly egészségügyi veszélyt jelent, különösen a nők számára. Kezeletlenül a klamídia súlyos, költséges reproduktív és egyéb egészségügyi problémákat okozhat, amelyek rövid és hosszú távú következményeket egyaránt magukban foglalnak, beleértve a medencegyulladásos betegséget (PID), amely a meddőség kritikus kapcsolata, és a potenciálisan végzetes tubális terhességet. A PID hegesedést okozhat és elzárhatja a petevezetékeket. Ez a nőt sterillé teheti, és képtelenné teherbe esni. A megtermékenyített petesejtek nem juthatnak el a méhbe, mert a petevezetékek elzáródnak. Ha a petevezetékben fejlődnek ki, azt méhen kívüli terhességnek vagy petevezetéki terhességnek nevezik. A nő meghalhat, ha a terhesség a méhen kívül alakul ki. Általában sürgősségi műtétre van szüksége. A petevezeték PID-ben szenvedő nőknél 7-10-szer nagyobb valószínűséggel alakul ki méhen kívüli terhesség, mint más nőknél.

A chlamydia a férfiakat is meddővé teheti. A húgycsőből átterjedhet a herékre. Ekkor egy mellékhere-gyulladásnak nevezett állapotot eredményezhet. A mellékhere-gyulladás sterilitást okozhat. A tünetek közé tartozik a láz, valamint a herezacskó duzzanata és változó mértékű fájdalma.

A chlamydia a terhesség káros kimenetelét is eredményezheti, beleértve az újszülöttkori kötőhártya-gyulladást (újszülöttkori szemfertőzés) és tüdőgyulladást. Ezenkívül a legújabb kutatások kimutatták, hogy a klamídiával fertőzött nőknél 3-5-ször nagyobb a HIV-fertőzés kockázata, ha kiteszik magukat a fertőzésnek.