A Sciaridae családba tartozó gombaszúnyogok kártevők lehetnek. Az egészséges növényekre – és az emberre – általában ártalmatlanok, de a palántákban jelentős károkat okozhatnak; jelenlétük komolyabb problémára utalhat. A szobanövényeknél a sciaridák jelenléte túlöntözésre utalhat; táplálkozhatnak olyan gyökerekkel, amelyek túl sokáig voltak vízben, és ezért rothadnak, vagy a szúnyogokat a telített felső talajban növekvő gombák vonzzák. Következésképpen, ha hagyjuk, hogy a talaj kiszáradjon, csökkenhet a számuk. A kártevők ellen néha úgy is védekeznek, hogy a növények körüli talajra homokréteget vagy beltéri mulcsot terítenek; Hypoaspis miles atkákat telepítenek, vagy a Bacillus thuringiensis (var. israelensis) biológiai lárvaölő szert alkalmazzák a szúnyoglárvák elpusztítására; a talajt évente rovarölő szappannal áztatják. A hidrogén-peroxid vízzel összekeverhető, és a fertőzött talajban lévő gubacsszúnyoglárvák elpusztítására egy rész 3%-os hidrogén-peroxid négy rész vízzel keverve, majd a talajra kijuttatva használható. A kifejlett egyedeket sárga kartonpapírból vagy ragasztóval bevont nehézpapírból készült ragadós csapdákkal lehet csapdába ejteni, mivel a kifejlett egyedeket vonzza a sárga szín.

Mivel a szúnyogok gyengén repülnek, a legyező alapú csapdák, valamint más légyölő eszközök segíthetnek a szabadon repülő szúnyogok elleni védekezésben, különösen beltérben. Számos mérgező és nem mérgező módszer létezik a szúnyogok és lárváik elleni védekezésre, beleértve a fonálférgeket, a diatómaföldet vagy a porított fahéjat.

A kereskedelmi üvegházakban általában a diflubenzuron rovarnövekedés-szabályozót alkalmazzák a szúnyogok és lárváik elleni védekezésre. Ezt a fertőzött talajra alkalmazzák, és egyetlen alkalmazástól számítva 30-60 napig pusztítja a gombaszúnyoglárvákat. Hatásmechanizmusa az, hogy megzavarja a kitin termelődését és lerakódását, és a rovarlárvákat a megfelelően kialakult külső váz nélkül korai vedlésre készteti, ami a lárvák pusztulásához vezet. Bár a szúnyoglárvák ellen irányul, alkalmazásakor óvatosan kell eljárni, mivel a vízi gerinctelenekre erősen mérgező. A diflubenzuron általában nincs mérgező hatással a kifejlett egyedekre; csak a lárvákra van hatással.