Patogenezis: A legtöbb faj nem jelentős kórokozó, és kevés vagy semmilyen betegséget nem okoz. Bizonyos fajok azonban erősen patogének, és a nyálkahártyák súlyos eróziója révén sejtlízis révén katarrális vagy vérzéses bélgyulladást okoznak, ami bőséges, víztől a véresig terjedő hasmenést eredményez. A klinikai betegség általában csak a második vagy harmadik generációs szkizóniával járó kumulatív szövetkárosodás után jelentkezik. A mérsékelten fertőzött állatok progresszív tüneteket mutathatnak, mint például gyenge súlygyarapodás vagy súlyvesztés, gyengeség és elhízás, míg a súlyosan fertőzött egyedek a betegség megjelenése után hamarosan elpusztulhatnak. A patogenitás számos tényezőtől függ, például a parazita fajától, életképességétől, fertőzőképességétől, virulenciájától, tropizmusától, a gazda korától, tápláltsági állapotától, immunológiai kompetenciájától, valamint az uralkodó környezeti feltételektől (hőmérséklet, nedvesség) és a gazdálkodási gyakorlatoktól. A fiatal állatok a legérzékenyebbek a klinikai megbetegedésre, bár a túlélőknél erős specifikus védőimmunitás alakul ki a későbbi fertőzéssel és betegséggel szemben.

A terjedés módja: A gazdaszervezet ürülékével ürülő oociszták szennyezik a külső környezetet, de belső sporuláción (sporozoitaképződésen) kell átesniük, mielőtt fertőzőképessé válnának. Az új gazdák akkor fertőződnek meg, amikor az élelmiszer- vagy vízkészletet szennyező sporulált oocisztákat lenyelik (széklet-orális átvitel). A lenyelést követően az oociszták és sporociszták a bélben excisztálnak, felszabadítva a bennük lévő sporozoitákat, amelyek behatolnak a gazdasejtekbe, és megkezdik a merogóniát. Az excisztációt a megfelelő gyomor utáni fizikai-kémiai körülmények, például az oxigénszint, a pH, az epesók, a hasnyálmirigy enzimek stb. stimulálják.

Differenciáldiagnózis: A klinikai tünetek általában egybeesnek a parazita átjárhatóságával (patent időszak = az az időszak, amely alatt az oociszták termelődnek). A fertőzéseket általában a gazdaszervezet székletének koprológiai vizsgálatával diagnosztizálják a kokcidiumok oocisztáinak kimutatására (különböző szedimentációs-flotációs technikákkal koncentrálva). A festetlen oocisztákat fénymikroszkópiával lehet a legjobban megfigyelni, szuboptimális átvilágítással (a diffrakció bevezetése érdekében lefelé tekert kondenzátorral), fáziskontrasztos vagy interferencia-kontrasztos optikával. A friss ürülékminták csak nem sporulált oocisztákat tartalmazhatnak, így a differenciáldiagnosztika néha rövid ideig tartó tárolást igényelhet a sporuláció elősegítése érdekében (a tárolás során gyakran használnak 2%-os kálium-dikromátot a mikroflóra elnyomására, de nem a halak esetében, és a hűtés lelassíthatja a folyamatot, ha a terepi minták esetében ez szükséges). A kutatók a közelmúltban számos molekuláris technikát alkalmaztak a parazitafajok közötti és azokon belüli genetikai variáció jellemzésére, de kevés technika alkalmas rutin diagnosztikai felhasználásra.

Kezelés és kontroll: A betegség előrehaladása általában olyan gyors, hogy bármilyen terápiás (gyógyító) kezelés egyszerűen túl késő lehet. Emiatt számos intenzív állattenyésztő ágazatban gyakran alkalmaznak folyamatos, takarmányba vagy vízbe adott gyógyszeres kezelést profilaktikus (megelőző) kezelésre. A gyógyszerek széles skálája áll rendelkezésre, beleértve a kokcidium-statikus (reverzibilis szuppresszív) vagy kokcidium-cidális (irreverzibilis halálos) hatásúakat. A fő gyógyszercsoportok közé tartoznak a szulfonamidok (szulfanilamid, trimetoprim, ethopabát), piridinolok (klopidol, dekokinát), nitrobenzamidok (zoalén), szerves arzénvegyületek (roxarson), nitrofuránok (furazolidon, amprolium), kinazolinonok (halofuginon), poliéter ionofór antibiotikumok (monenzin, laslocid, szalinomicin, narazin), aszimmetrikus (diklazuril) és szimmetrikus (toltrazuril) triazinok. Sajnálatos módon számos kokcidiumfaj körében egyre több probléma merül fel a gyógyszerrezisztenciával kapcsolatban, különösen a szintetikus gyógyszerekkel szemben, amelyek hajlamosak a parazitapopulációkban megmaradni. Számos iparág javasolja a különböző gyógyszercsoportok közötti rendszeres rotációt és a kombinált (koktél) gyógyszerek használatát a rezisztencia előfordulásának minimalizálása érdekében. A legtöbb kokcidiumfertőzés erős védő immunválasz kialakulását serkenti, bár átmeneti, hacsak nem premunitív (rövid életű, hacsak a paraziták nem maradnak fenn). Jelentős sikereket értek el a paraziták attenuált vagy koraérett törzseivel végzett immunprofilaxis révén történő védekezéssel, különösen a baromfiiparban. A kutatók jelenleg rekombináns szubcelluláris vakcinák kifejlesztésére tesznek kísérletet. A kitörések általában a higiénia javításán, a zsúfoltság csökkentésén, a fertőzött alom eltávolításán és a fertőzött egyedek elkülönítésén alapuló gazdálkodási gyakorlatokkal ellenőrizhetők. A kémiai fertőtlenítés általában nem kivitelezhető, mivel az oociszták számos hagyományos fertőtlenítőszerrel szemben ellenállóak.