Az immunrendszer T-sejtes ága gyakorlatilag végtelen számú exogén antigénre képes reagálni, így a saját antigénfelismerés és a veszélyes autoimmun reakciók lehetőségét is magában foglalja. Ezért szabályozó mechanizmusok működnek mind az ontogenezis során a tímuszban, mind a születés után a periférián. Az önreaktív T-sejtek szabályozása a negatív szelekció folyamatán keresztül történik, amely a tímiaszinten expresszálódó promiszkuózus génexpresszió révén nagy affinitást mutató T-sejtek apoptózisát eredményezi a tímiaszinten expresszálódó önpeptidek iránt. A negatív szelekció elől menekülő önreaktív T-sejteket a periférián más szabályozó mechanizmusok irányítják, amelyek közül a legfontosabbak a természetes Foxp3+ T szabályozó (Treg) sejtek. Szabályozásra van szükség az exogén antigénekkel szembeni túlzott effektor T-sejtválaszok szabályozásához is, amikor azok veszélyessé válnak a szervezet számára. Az effektor T-sejteknek három típusát ismerik: T helper 1 (Th1) sejtek, amelyek védelmet nyújtanak az intracelluláris baktériumokkal szemben; Th2 sejtek, amelyek bizonyos szerepet játszanak a fonálférgek elleni védelemben, de felelősek az allergiás reakciókért; Th17 sejtek, amelyek valószínűleg hatékonyak az extracelluláris baktériumok elleni védelemben, de szerepet játszanak az autoimmun betegségek felerősítésében is. A rendellenes vagy túlzott Th-effektorválaszokat különböző mechanizmusok szabályozzák. A Th1- vagy Th2-dominált válaszok átirányítását vagy immunrendszeri eltérítését az azonos sejttípusok által termelt citokinek és a CXCR3-kötő kemokinek, a CXCL4 és CXCL10 biztosítják. Ezenkívül mind a Th1, mind a Th2 válaszokat elnyomhatják az adaptív Treg-sejtek kontaktusfüggő mechanizmusokon és/vagy az IL-10 és a transzformáló növekedési faktor-béta (TGF-béta) termelésén keresztül. Végül a TGF-béta1 elősegítheti mind a Th17 effektor, mind az adaptív Treg sejtek kialakulását, míg az IL-6 egyidejű termelése hozzájárul a Th17 sejtek kialakulásához, de gátolja a Treg sejteket. A Th17 sejtek fejlődését a Th2 sejtek által termelt IL-4 és a Th1 sejtek által termelt IFN-gamma is visszaszorítja.