Ez a fejezet a gombák és az eukarióta algák áttekintését nyújtja, mivel mindkét csoportnak számos közös morfológiája van – vagyis a fonalasoktól a sejtesig. A gombák fonalas formájukkal, exudátumukkal és a talajszervezetek összes többi csoportjával való trofikus kölcsönhatásaikkal kötik össze a talajt. A gombák óriási jelentőséggel bírnak a szén- és nitrogénkörforgásban, mivel képesek lebontani a növényi eredetű komplex szubsztrátokat, amelyek a legtöbb szárazföldi ökoszisztémában a nettó elsődleges termelékenység akár 90%-át is képviselik. Ezenkívül a számos gomba és a növényi gyökerek közötti, általában mutualista szimbiózis, az úgynevezett “mikorrhiza”, valamint a számos növénybetegséghez vezető parazita kölcsönhatások ökológiai és gazdasági szempontból egyaránt óriási hatással bírnak. A folyók, tavak és tavak átmenetileg vagy állandóan nedves szegélyei, valamint a lápok és mocsarak tőzeges szubsztrátjai számos édesvízi algának adnak otthont, amelyek a víztől távol nem fejlődnek. A mérsékelt égövi és trópusi mezőgazdaság, a füves területek, az erdők, a sarkvidéki és alpesi tundrák, sőt a sivatagok változatos talajai is az eukarióta algák és a cianobaktériumok meglepően változatos és aktív flórájának adnak otthont. Ez a fejezet a gombák és az eukarióta algák osztályozását és jellemzőit, valamint e csoportok talajban betöltött ökológiai szerepét dolgozza ki.