En dépit de l’absence de précipitations, la végétation naturelle de l’Égypte est variée. Une grande partie du désert occidental est totalement dépourvue de toute forme de vie végétale, mais là où il existe une forme d’eau, on trouve la croissance habituelle du désert, composée de plantes vivaces et d’herbes ; la bande côtière présente une riche végétation au printemps. Le désert oriental reçoit peu de précipitations, mais il abrite une végétation variée comprenant le tamaris, l’acacia et le markh (un arbre sans feuilles ni épines, aux branches nues et aux rameaux fins), ainsi qu’une grande variété d’arbustes épineux, de petites plantes grasses et d’herbes aromatiques. Cette croissance est encore plus frappante dans les oueds des collines de la mer Rouge et du Sinaï et dans les monts ʿIlbah (Elbe) au sud-est.

Le Nil et les canaux et fossés d’irrigation abritent de nombreuses variétés de plantes aquatiques ; le lotus de l’Antiquité se trouve dans les canaux de drainage du delta. Il existe plus de 100 sortes d’herbes, parmi lesquelles le bambou et l’alfa (ḥalfāʾ), une herbe grossière et longue qui pousse près de l’eau. Les roseaux vivaces robustes comme le roseau d’Espagne et le roseau commun sont largement répandus en Basse-Égypte, mais le papyrus, cultivé dans l’Antiquité, ne se trouve plus que dans les jardins botaniques.

Le palmier-dattier, cultivé et subspontané, se trouve dans tout le delta, dans la vallée du Nil et dans les oasis. Le palmier doum (Hyphaene thebaica ; un palmier éventail africain) s’identifie particulièrement à la Haute-Égypte (la partie sud de la vallée du Nil) et aux oasis, bien qu’il y ait des exemples épars ailleurs.

Il y a très peu d’arbres indigènes. Le genévrier de Phénicie est le seul conifère indigène, bien qu’il existe plusieurs espèces de conifères cultivés. L’acacia est largement répandu, tout comme l’eucalyptus et le sycomore. Plusieurs espèces du genre Casuarina (ordre des bœufs), importées au XIXe siècle, sont aujourd’hui les arbres à bois les plus importants du pays. D’autres importations étrangères, comme le jacaranda, le poinciana royal (arbre à fleurs orange ou écarlates) et le lebbek (Albizia lebbek ; un arbre légumineux), sont devenues un élément caractéristique du paysage égyptien.

Les animaux domestiques comprennent les buffles, les chameaux, les ânes, les moutons et les chèvres, ces derniers étant particulièrement remarquables dans la campagne égyptienne. Les animaux qui figurent en bonne place sur les frises de l’Égypte ancienne – hippopotames, girafes et autruches – n’existent plus en Égypte ; on ne trouve des crocodiles qu’au sud du haut barrage d’Aswān. Le plus grand animal sauvage est l’aoudad (un type de mouton barbu), qui survit dans les fastes du sud du désert occidental. Les autres animaux du désert sont la gazelle Dorcas, le fennec (un petit renard vivant dans le désert), le bouquetin de Nubie, le lièvre d’Égypte et deux sortes de jerboa (un rongeur ressemblant à une souris avec de longues pattes arrière pour sauter). Le chacal égyptien (Canis lupaster) existe toujours, et le hyrax se trouve dans les montagnes du Sinaï. Il existe deux mammifères carnivores : le chat de Caffre, un petit prédateur félin, et l’ichneumon, ou mangouste égyptienne. On trouve plusieurs variétés de lézards, dont le grand varan. Les serpents venimeux comprennent plus d’une espèce de vipère ; le serpent moucheté se trouve dans toute la vallée du Nil et le cobra égyptien (Naje haje) dans les zones agricoles. Les scorpions sont courants dans les régions désertiques. Il existe de nombreuses espèces de rongeurs. On trouve de nombreuses variétés d’insectes, dont le criquet.

L’Égypte est riche en avifaune. De nombreux oiseaux passent en grand nombre lors de leurs migrations de printemps et d’automne ; au total, on peut observer plus de 200 types de migrateurs, ainsi que plus de 150 oiseaux résidents. La corneille à capuchon est un résident familier, et le milan noir est caractéristique le long de la vallée du Nil et à Al-Fayyūm. Parmi les oiseaux de proie figurent le faucon lanier et le faucon crécerelle. Les lammergeurs et les aigles royaux vivent dans le désert oriental et la péninsule du Sinaï. On ne trouve plus l’ibis sacré (un échassier à long bec associé à l’Égypte ancienne), mais la grande aigrette blanche et le héron garde-bœufs apparaissent dans la vallée du Nil et à Al-Fayyūm, de même que la huppe (un oiseau à la crête érectile en forme d’éventail). Les oiseaux résidents du désert constituent une catégorie distincte, comptant environ 24 sortes.

Le Nil contient environ 190 variétés de poissons, les plus courants étant le bulṭī (Tilapia nilotica ; un poisson à écailles grossières et à nageoires épineuses) et la perche du Nil. Les lacs de la côte du delta contiennent surtout du būrī (mulet gris). Le lac Qārūn du gouvernorat d’Al-Fayyūm (muḥāfaẓah) a été empoissonné de būrī et le lac Nasser de bulṭī, qui deviennent très gros dans ses eaux.