Informations cliniques
L’analyse des microréseaux chromosomiques (hybridation génomique comparative en réseau, aCGH) est utile pour détecter les anomalies cliniquement significatives du nombre de copies chez les patients présentant des caractéristiques phénotypiques évocatrices d’un réarrangement chromosomique congénital. Le test des microréseaux permet une étude du génome entier à très haute résolution et est actuellement recommandé par l’American College of MedicalGenetics comme test de premier niveau pour certains patients.
La partie SNP (single nucleotide polymorphism) des microréseaux permet de détecter les régions présentant une absence d’hétérozygotie (AOH). De longs tronçons continus présentant une AOH indiquent des résultats ayant une signification clinique potentielle liée à deux classes de troubles :
- ceux impliquant des régions génomiques imprimées (résultant d’une disomie uniparentale ou UPD) et
- des troubles récessifs (résultant d’une UPD ou d’une identité par descendance).
La puce SNP peut fournir des résultats compatibles avec la consanguinité (c’est-à-dire que les parents sont étroitement liés). Le conseil avant le test devrait aborder cette question. La plateforme actuelle est la solutionCytoScanHD (fabriquée par Affymetrix). Le CytoScan HD est basé sur l’analyse indépendante de deux types de marqueurs moléculaires : 1,7 million de sondes oligonucléotidiques et750 000 sondes SNP. Les sondes oligonucléotidiques couvrent toutes les régions connues pour être impliquées dans les anomalies cytogénétiques, y compris plus de 255 syndromes génétiques reconnus, plus de 980 régions génétiques ayant une importance fonctionnelle dans le développement humain, les régions péricentromériques et les subtélomères.
Les sondes SNP ont un espacement moyen de ~49 kb. Cet espacement permet la détection de l’AOH avec une résolution effective d’environ 5 à 10 Mb à travers le génome.
Une analyse par hybridation in situ en fluorescence (FISH) peut être réalisée pour un test de suivi, si cela est jugé approprié. De plus, le test des parents peut être nécessaire dans certains cas pour clarifier un résultat de signification inconnue.