La branche des cellules T du système immunitaire peut répondre à une variété virtuellement infinie d’antigènes exogènes, incluant ainsi la possibilité de reconnaissance d’auto-antigènes et de réactions auto-immunes dangereuses. Par conséquent, des mécanismes de régulation opèrent à la fois pendant l’ontogenèse dans le thymus et après la naissance dans la périphérie. Le contrôle des cellules T autoréactives s’effectue par un processus de sélection négative qui entraîne l’apoptose des cellules T présentant une forte affinité pour les auto-peptides exprimés au niveau thymique par le biais d’une expression génétique promiscuous. Les cellules T autoréactives échappant à la sélection négative sont contrôlées en périphérie par d’autres mécanismes de régulation, le plus important étant les cellules régulatrices T (Treg) Foxp3+ naturelles. La régulation est également nécessaire pour contrôler les réponses excessives des cellules T effectrices contre les antigènes exogènes, lorsqu’elles deviennent dangereuses pour l’organisme. Trois types de cellules T effectrices ont été reconnus : Les cellules T helper 1 (Th1), qui protègent contre les bactéries intracellulaires ; les cellules Th2, qui jouent un certain rôle dans la protection contre les nématodes, mais sont responsables des réactions allergiques ; les cellules Th17, qui sont probablement efficaces dans la protection contre les bactéries extracellulaires, mais jouent également un rôle dans l’amplification des troubles auto-immuns. Les réponses effectrices Th anormales ou excessives sont régulées par différents mécanismes. La réorientation ou la déviation immunitaire des réponses dominées par les Th1 ou les Th2 est assurée par des cytokines produites par les mêmes types de cellules et par les chimiokines CXCL4 et CXCL10 se liant à CXCR3. De plus, les réponses Th1 et Th2 peuvent être supprimées par les cellules Treg adaptatives par le biais de mécanismes dépendants du contact et/ou de la production d’IL-10 et du facteur de croissance transformant-beta (TGF-beta). Enfin, le TGF-beta1 peut favoriser le développement des cellules Th17 effectrices et des cellules Treg adaptatives, tandis que la production simultanée d’IL-6 contribue au développement des cellules Th17, mais inhibe les cellules Treg. Le développement des cellules Th17 est également régulé à la baisse par l’IL-4 produit par les cellules Th2 et par l’IFN-gamma produit par les cellules Th1.