Tests d’amplification de l’acide nucléique &Leurs performances

Les tests de diagnostic conventionnels, tels que la culture et le dosage immunoenzymatique, utilisés précédemment pour la détection des chlamydia manquaient de sensibilité, nécessitaient des organismes viables, un équipement stérile, des conditions de transport fastidieuses et un prélèvement invasif, notamment un examen au spéculum chez les femmes et des écouvillons urétraux chez les hommes, ce qui nécessitait un prestataire de soins de santé formé et un environnement clinique avec une salle d’examen. Avec l’avènement des technologies de test d’amplification de l’acide nucléique (TAAN) pour le dépistage des chlamydiae, nous avons maintenant accès à des tests plus sensibles qui permettent généralement l’utilisation d’échantillons autocollectés à partir de matériel recueilli plus loin du site d’infection initial (par exemple, l’urine pour une infection du col de l’utérus), qui peuvent donc contenir moins d’organismes que les écouvillons recueillis par un clinicien. En outre, les conditions de transport sont moins critiques pour la performance du test, ce qui signifie que ces échantillons peuvent être collectés en dehors d’un cadre clinique traditionnel et, dans certains cas, peuvent même être envoyés par courrier au laboratoire de diagnostic.

Bien que l’avènement des tests NAAT ait révolutionné le dépistage des chlamydias, il existe un certain nombre de facteurs à prendre en compte lors de l’interprétation des résultats d’une étude ou du choix d’un test à utiliser. Il s’agit notamment de comprendre comment le test a été évalué à l’origine en vue de son utilisation, d’être conscient de ce que signifie un résultat positif ou négatif et de sa fiabilité, et d’apprécier comment la performance du test peut différer dans d’autres groupes de population.

Comment le test a été évalué en vue de son utilisation ?

La sensibilité et la spécificité sont les deux statistiques clés utilisées pour évaluer la performance d’un test de dépistage par rapport à une méthode de référence. La sensibilité est la probabilité qu’un test de diagnostic soit positif, étant donné que le vrai diagnostic est positif ; et la spécificité est la probabilité que le test de diagnostic soit négatif, étant donné que le vrai diagnostic est négatif. Les meilleurs tests de dépistage ont une sensibilité et une spécificité élevées. Une sensibilité faible entraîne des résultats faussement négatifs élevés et une spécificité faible entraîne des résultats faussement positifs élevés. Des inquiétudes ont été exprimées quant à la validité de la sensibilité et de la spécificité publiées des TAAN pour les chlamydias, car il n’existe actuellement aucun test de référence. Traditionnellement, la culture de chlamydia a servi d’étalon-or et on lui attribue une spécificité de près de 100 % ; cependant, comparée aux TAAN, la culture s’est avérée avoir une sensibilité beaucoup plus faible, car elle ne détecte que des organismes vivants. Par conséquent, l’estimation de la sensibilité et de la spécificité d’un nouveau test en comparant ses performances à celles de la culture peut entraîner des estimations biaisées de la sensibilité et de la spécificité du nouveau test. Pour tenter de minimiser ce biais, l’approche de l’analyse discordante a été initialement proposée pour l’évaluation des TAAN pour la chlamydia en effectuant un autre TAAN sur l’échantillon pour déterminer les « vrais » résultats. Si ce test supplémentaire était positif, le résultat positif était alors considéré comme un vrai positif. Des inquiétudes ont été soulevées car cette méthode peut conduire à une surestimation de la sensibilité et de la spécificité ; cependant, son utilisation a diminué. À sa place, une autre approche d’estimation a été proposée, l’algorithme du statut du patient infecté (PISA). Plusieurs versions de PISA ont été proposées, mais essentiellement, PISA implique l’utilisation de plusieurs tests pour définir la  » norme d’excellence « , et la sensibilité et la spécificité d’un nouveau test sont ensuite comparées à cette norme. Cependant, il a été démontré que PISA peut également produire des estimations biaisées des paramètres de performance des tests. Dans une série de scénarios simulés par Hadgu et ses collègues, aucun des IC à 95 % pour les estimations de la sensibilité et de la prévalence basées sur PISA ne contenait les vraies valeurs. En outre, les estimations de la sensibilité et de la spécificité basées sur le PISA changent de façon marquée lorsque la prévalence réelle change. Des techniques de modélisation statistique plus avancées, telles que la modélisation par classes latentes, ont été proposées comme alternative pour évaluer la performance des tests. Bien que la PISA soit approuvée par la FDA américaine pour l’évaluation des tests de diagnostic de la chlamydia, tant la PISA que la modélisation par classe de latence sont maintenant utilisées pour l’évaluation des tests.

À quel point un résultat positif est-il fiable ?

La reproductibilité des TAAN, une mesure du degré auquel les résultats d’un test restent cohérents lors de tests répétés du même spécimen dans les mêmes conditions d’un test de diagnostic ou de dépistage, est de première importance. Par le passé, les TAAN ont connu des problèmes considérables de reproductibilité. Il y a une dizaine d’années, la réaction en chaîne par ligase d’Abbott Laboratories (IL, USA) a connu des problèmes très médiatisés qui ont conduit à l’abandon du test sur le marché. Dans une étude sur la reproductibilité du TAAN pour les chlamydia, Hadgu et al. ont constaté que, pour les études utilisant la PCR, entre 37,5 et 96,7 % des résultats positifs étaient confirmés ; et pour l’amplification par déplacement de brin (SDA), entre 79,3 et 93,7 % des résultats positifs étaient confirmés. Une autre étude menée par Schachter et ses collègues a évalué la reproductibilité et a révélé que 96,7 % des résultats positifs obtenus par PCR, 83,8 % par SDA et 97,7 % par TMA étaient confirmés. Hadgu et al. ont observé qu’un grand nombre des problèmes de reproductibilité des TAAN semblent survenir dans des échantillons faiblement positifs et, par conséquent, certains auteurs recommandent de tester à nouveau les échantillons faiblement positifs afin de réduire le nombre de faux positifs potentiels. D’autres auteurs considèrent ces échantillons faiblement positifs comme de vrais positifs et ne pensent pas qu’un nouveau test soit nécessaire, car ils affirment que « l’échec de la répétition d’un test positif ne signifie pas que le résultat initial était un faux positif ». Cependant, étant donné l’impact potentiel d’un test de chlamydia positif sur un individu et l’impact potentiel qu’un diagnostic positif peut avoir sur les relations, les résultats positifs doivent être interprétés en tenant compte de l’histoire sexuelle et du tableau clinique de l’individu et, en cas de doute, un nouveau test doit être envisagé.

Il faut également se rappeler que, lors de l’interprétation d’un résultat positif, les TAAN n’ont pas besoin d’organismes viables. Les TAAN ont une sensibilité analytique supérieure car ils peuvent potentiellement produire un signal positif à partir d’une seule copie de l’ADN ou de l’ARN cible dans la réaction. Cependant, ce haut niveau de sensibilité peut poser des problèmes car, bien qu’un résultat positif aux TAAN puisse refléter une infection clinique, le test peut également amplifier des organismes morts ou être positif à la suite d’une contamination de surface (y compris la contamination du récipient dans le cas d’échantillons prélevés par le patient lui-même) et donc produire un diagnostic faussement positif. Par conséquent, il est important qu’un individu ne soit pas testé à nouveau trop rapidement après le traitement de l’infection. Des études ont examiné la dynamique de la clairance de l’ADN ou de l’ARN des chlamydias après le traitement de l’infection à chlamydias. Une étude portant sur 115 femmes ayant reçu un diagnostic de chlamydia a révélé que, 7 et 14 jours après le traitement, 54 et 21 % des femmes, respectivement, avaient encore de l’ARNr détectable dans leurs écouvillons vaginaux prélevés par elles-mêmes. Une autre étude récente a suivi de manière prospective 59 infections cervicales et/ou rectales traitées chez 52 femmes et hommes, et a évalué la présence d’ADN plasmidique et d’ARNr de chlamydia de manière systématique par des mesures séquentielles à temps multiple sur une période de 8 semaines. Cette étude a révélé qu’une forte proportion (42 %) d’infections à chlamydia s’est révélée positive sur au moins un des échantillons prélevés après 3 semaines et que les résultats positifs intermittents de chlamydia étaient fréquents au fil du temps. Bien que la possibilité d’une nouvelle infection ne puisse être exclue dans ces deux études, leurs résultats suggèrent qu’un nouveau test effectué trop tôt après le traitement peut conduire à un diagnostic faussement positif. Les directives actuelles des CDC en matière de traitement des maladies sexuellement transmissibles déconseillent un test de guérison 3 à 4 semaines après le traitement et recommandent désormais que les femmes non enceintes et les hommes chez qui on a diagnostiqué une chlamydiose soient soumis à un nouveau test 3 mois après un diagnostic positif.

À quel point un résultat négatif est-il fiable ?

Les faux négatifs dus à des mutations dans le gène cible des tests commerciaux sont un autre problème qui peut avoir un impact sur la performance du test et souligne l’importance d’une surveillance continue pour s’assurer que toute baisse des taux de diagnostic de chlamydia n’est pas due à l’introduction de mutations dans les souches qui circulent actuellement dans la population. Un exemple de cela est la variante de chlamydia identifiée en Suède en 2006, avec une délétion de 377 paires de bases dans le plasmide cryptique. Cette découverte est intervenue après la diminution inattendue de 25 % des infections à chlamydia entre novembre 2005 et août 2006 dans le comté de Halland, dans le sud-ouest de la Suède. Cela a eu des ramifications importantes dans les diagnostics des infections à chlamydia, étant donné que plusieurs tests de chlamydia disponibles dans le commerce ont été affectés.

La performance des tests change-t-elle dans différents groupes de population ?

Une autre statistique importante utilisée pour décrire la performance d’un test de diagnostic est la valeur prédictive positive (VPP). La VPP est la proportion de personnes dont le test est positif pour la maladie et qui sont réellement atteintes de la maladie. Elle est liée à la prévalence de la maladie dans la population et, plus la prévalence augmente, plus la VPP du test augmente. Lorsque la prévalence est faible, la VPP diminue et la proportion de résultats faussement positifs augmente. La figure 2 ci-dessous montre l’association entre la VPP et la prévalence pour un TAAN présentant une sensibilité de 90 % et différents niveaux de spécificité. Il est intéressant de noter qu’à des estimations de prévalence faibles, on observe une forte diminution de la VPP, ce qui signifie des taux élevés de diagnostics faux positifs. Cette figure montre que, pour une prévalence de 4 % et une spécificité de 97 %, la VPP est d’environ 50 %, ce qui signifie que la moitié des résultats positifs du test NAAT représenteront des faux positifs, tandis qu’à une spécificité de 99,5 %, la proportion de tests positifs faussement positifs tombe à 12 %.

Les résultats faussement positifs pour la chlamydia ont des répercussions importantes sur la santé publique. Premièrement, les diagnostics faussement positifs peuvent avoir un préjudice social et psychologique considérable sur un individu, ainsi que sur sa relation, un facteur qui ne doit pas être sous-estimé. Deuxièmement, les estimations d’incidence et de prévalence seront surestimées, ce qui entraînera des résultats biaisés en matière de surveillance et de recherche ; cela a également des répercussions sur les analyses coût-efficacité. Enfin, les résultats faussement positifs conduiront inévitablement à un surtraitement des individus.