Les moucherons fongiques de la famille des Sciaridae peuvent être des nuisibles. Ils sont généralement inoffensifs pour les plantes saines – et les humains – mais peuvent infliger des dommages importants aux semis ; leur présence peut indiquer des problèmes plus graves. Dans les plantes d’intérieur, la présence de sciarides peut indiquer un arrosage excessif ; ils peuvent se nourrir de racines qui ont été immergées dans l’eau trop longtemps et qui pourrissent donc, ou les moucherons peuvent être attirés par les champignons qui se développent dans la terre végétale saturée. Par conséquent, le fait de laisser sécher le sol peut réduire leur nombre. On peut également lutter contre ces ravageurs en plaçant une couche de sable ou de paillis d’intérieur sur le sol autour des plantes, en introduisant des acariens Hypoaspis ou en appliquant le larvicide biologique Bacillus thuringiensis (var. israelensis) pour tuer les larves de moucherons, ou encore en trempant le sol chaque année dans un savon insecticide. On peut mélanger du peroxyde d’hydrogène avec de l’eau et l’utiliser pour tuer les larves de moucherons dans un sol infecté : un mélange d’une partie de peroxyde d’hydrogène à 3 % mélangé à quatre parties d’eau, puis appliqué sur le sol. Les adultes peuvent être piégés avec des pièges collants faits de papier cartonné jaune ou de papier lourd enduit d’un adhésif puisque les adultes sont attirés par la couleur jaune.

Comme les moucherons ont un faible vol, des pièges à ventilateur ainsi que d’autres dispositifs tue-mouches peuvent être utilisés pour aider à contrôler les moucherons en vol libre, surtout à l’intérieur. Il existe un certain nombre de méthodes toxiques et non toxiques pour lutter contre les sciarides et leurs larves, notamment les nématodes, la terre de diatomées ou la cannelle en poudre.

Les serres commerciales emploient généralement le régulateur de croissance des insectes diflubenzuron pour lutter contre les moucherons fongiques et leurs larves. Il est appliqué sur le sol infecté et tue les larves de moucherons fongiques pendant 30 à 60 jours à partir d’une seule application. Son mécanisme d’action est d’interférer avec la production et le dépôt de chitine et il déclenche également la mue précoce des larves d’insectes sans exosquelette correctement formé, ce qui entraîne la mort des larves. Bien qu’il soit ciblé sur les larves de moucherons, il faut faire attention lors de son application car il est très toxique pour les invertébrés aquatiques. Le diflubenzuron n’a généralement aucun effet toxique sur les adultes ; seules les larves sont affectées.