Le premier grand mouvement millénariste après les premières communautés chrétiennes fut le montanisme. Montanus, son fondateur, cherchait à restaurer l’enthousiasme de la première période de l’église. Le mouvement de Montanus a commencé vers 172 de l’ère chrétienne. Il s’attendait à ce que le Seigneur revienne à Pepuza et à Tymion, deux petites villes d’Asie Mineure. La Nouvelle Jérusalem descendrait bientôt sur terre et le règne de mille ans du Christ commencerait. Montanus encourageait ses disciples à vivre dans un ascétisme strict pour se préparer à cette seconde venue. L’église s’est retournée contre Montanus parce que le millénarisme n’était pas central dans la doctrine chrétienne et parce que les prophéties extatiques et les interprétations privées sapaient la discipline de l’église.

Saint Augustin d’Hippone (354-430) a effectivement fermé la porte aux spéculations millénaristes pendant des siècles en écrivant contre le type d’interprétation littérale des Écritures qui promettait un paradis physique sur terre. Mais au début du Moyen Âge, Joachim de Fiore (1130 ou 1135-1201 ou 1202) a rouvert la porte à de nombreux mouvements apocalyptiques et de renouveau, tels que les Franciscains spirituels et les Fraticelli. Joachim croyait que sa propre époque était en crise et prêchait que l’action humaine contribuerait à faire passer l’église à l’étape finale de l’histoire, l’âge du Saint-Esprit.

Dans de nombreux cas, les espoirs et les attentes millénaristes se sont mêlés aux aspirations politiques et sociales et ont abouti à un mélange violent – en particulier lorsque les efforts de réforme, bloqués par des autorités ecclésiastiques et séculaires rigides, sont devenus radicaux et extrêmes. C’est ce qui s’est produit, par exemple, au XVe siècle en Bohême et en Moravie, lorsque le mouvement de réforme hussite, mêlé à des sentiments nationalistes inchoatifs et à des tensions sociales, est devenu la Révolution hussite, qui a à son tour engendré le mouvement millénariste radical des Taborites. En utilisant des images religieuses et des croyances millénaristes, les Taborites ont créé une société millénariste éphémère qui a lutté violemment contre les forces envoyées pour l’écraser.

Dans l’Allemagne du XVIe siècle, les réformes luthériennes ont déclenché un sentiment de libération ainsi qu’une désorientation au milieu des changements sociaux et religieux. Tout comme Martin Luther a utilisé une imagerie apocalyptique pour dépeindre le pape comme l’Antéchrist, Thomas Müntzer a dépeint Luther comme la Bête de l’Apocalypse parce que Luther s’opposait aux efforts réformistes de Müntzer. Müntzer s’engagea dans la révolution sociale et religieuse, croyant que quiconque s’opposait à ce processus des derniers jours devait être violemment anéanti. Les groupes anabaptistes canalisèrent les espoirs de réforme dans des efforts pour établir un nouvel âge d’or. Certains groupes prêchaient une attente non violente de la fin des temps, tandis que d’autres segments développaient un millénarisme fanatique lorsque les autorités s’y opposaient. À Münster, les anabaptistes ont mis en place le nouveau Royaume de Sion, qui a connu une fin violente et sanglante en 1535.

À la fin du XVIe siècle et au début du XVIIe, les conditions politiques et religieuses en Angleterre ont suscité une vague d’intérêt et d’excitation millénariste. Les puritains anglais interprétèrent de plus en plus les prophéties bibliques concernant les calamités et la seconde venue comme se référant à des situations contemporaines. Des hommes érudits ont essayé de déchiffrer dans les Écritures la date à laquelle la fin du monde pourrait arriver. Les millénaristes anglais les plus radicaux étaient connus sous le nom d’hommes de la Cinquième Monarchie (d’après la vision racontée dans le livre de Daniel, chapitre 7). Au début du XVIIIe siècle, les Camisards ou « prophètes français » ont demandé au roi catholique une certaine tolérance pour leur culture et leurs pratiques protestantes. Les camisards croyaient que leurs souffrances faisaient partie du plan de Dieu pour l’avènement du millénaire. Des prophètes laïcs, dont de nombreux enfants, au milieu de manifestations physiques de secousses et de convulsions, ont révélé que le jour du Jugement dernier approchait, que le règne de la Bête de l’Apocalypse allait bientôt prendre fin.