Loggains a été le coordinateur offensif des Titans du Tennessee de 2012 à 2013 en tant que membre du personnel d’entraînement de Mike Munchak. Quelques jours après l’arrivée de Ken Whisenhunt à la tête des Titans en 2014, Loggains a été informé qu’il ne resterait pas dans l’organisation. Il avait auparavant été l’entraîneur des quarterbacks de l’équipe.
Loggains a passé l’année 2014 en tant qu’entraîneur des quarterbacks pour les Cleveland Browns. Il était un partisan de l’embauche du quarterback de Texas A&M Johnny Manziel.
L’année suivante, Loggains était à la recherche d’un emploi. Il a été interviewé pour un poste de coordinateur offensif par les Giants de New York, mais a plutôt été embauché par les Bears le 23 janvier 2015 en tant qu’entraîneur des quarterbacks. Sous la direction de Loggains, le quarterback Jay Cutler a connu l’une de ses meilleures saisons, puisqu’il a terminé l’année 2015 avec 3 629 yards par la passe, 21 touchdowns, 11 interceptions, et des records en carrière pour l’évaluation des passeurs (92,3) et le pourcentage de complétion (64,4). Les 11 interceptions ont été les plus basses de sa carrière et ont donné lieu à un pourcentage d’interceptions de 2,3, le plus bas d’une saison où il a commencé au moins 12 matchs, tandis que les 21 touchdowns ont été son deuxième plus grand nombre depuis 2011 et les 3 629 yards ont été les troisièmes plus grands de sa carrière. Sur les troisièmes essais, Cutler a obtenu une cote de passage de 103,2 (quatrième dans la NFL) après avoir complété 91 des 141 passes pour 1 242 verges, sept touchés et deux interceptions. En revanche, contre les Seattle Seahawks, le quart-arrière remplaçant Jimmy Clausen a complété 9 des 17 passes pour 63 verges et, en tenant compte des sacs, a enregistré 48 verges nettes de passage, la deuxième fois depuis la saison 1990 que les Bears ont eu moins de 50 verges nettes de passage. Les Bears ont terminé l’année avec 228,9 verges de passe par match, ce qui les classe au 23e rang de la ligue. Le groupe de quart-arrière a obtenu un pourcentage combiné de 63,9 pour les passes complétées et de 2,3 pour les interceptions, ce qui les classe tous deux au troisième rang de l’histoire de l’équipe, ainsi que 3 843 verges brutes de passe et un pourcentage de 42.5 pourcentage de troisième essai (quatrième), 3 660 verges de passe nettes (cinquième), ainsi que 5 514 verges nettes totales et une cote de passage de 89,7 (sixième).
Loggains a été promu coordonnateur offensif le 11 janvier 2016 lorsque Adam Gase a quitté le poste pour devenir l’entraîneur-chef des Dolphins de Miami. Les Bears ont connu des difficultés pendant le mandat de Loggains en tant que CO, avec un classement de novembre 2017 par ESPN le plaçant à la dernière place parmi 32 playcallers, tandis que l’attaque a terminé la saison 2017 avec une moyenne de seulement 16,5 points par match (29e dans la ligue). Après le licenciement de l’entraîneur-chef John Fox, Loggains a retrouvé Gase à Miami, obtenant un autre poste de coordinateur offensif.
Le 23 janvier 2019, Loggains a retrouvé Adam Gase une fois de plus après avoir été embauché comme coordinateur offensif/entraîneur des quaterbacks pour les Jets de New York.Le 25 octobre 2020, en prévision du match de la semaine 7 contre les Bills de Buffalo, l’entraîneur-chef Adam Gase a abandonné les fonctions d’appel de jeu offensif et les a confiées à Loggains. Malgré une bonne performance en première mi-temps avec une avance de 10-6, Loggains n’a pas réussi à prendre de l’élan en deuxième mi-temps, ce qui a abouti à une défaite de 18-10 contre Buffalo. Le 28 octobre 2020, avant le match contre les Chiefs de Kansas City, il a été signalé que Loggains se verrait à nouveau confier les fonctions d’appel de jeu offensif.