La procédure standard se déroule en trois phases :

1. Isolation de l’ARN viral à partir d’écouvillons prélevés dans le nez ou la gorge.
2. Conversion de la séquence d’ARN en une séquence d’ADN correspondante (transcription inverse).
3. Amplification du nombre de copies de l’ADN plusieurs milliards de fois jusqu’à une quantité qui peut être détectée – cette étape finale est une qPCR (réaction en chaîne par polymérase quantitative).

La première étape est une extraction chimique qui est souvent automatisée. Les deux étapes suivantes sont réalisées dans un autre instrument appelé machine PCR. La spécificité de la qPCR (c’est-à-dire sa capacité à amplifier uniquement le matériel génétique viral) dépend des amorces utilisées. Ces amorces sont soigneusement sélectionnées pour amplifier un segment du génome viral spécifique et non l’ADN de l’hôte ou d’autres agents pathogènes qui peuvent se trouver sur l’écouvillon. Cette procédure prend plusieurs heures, et il n’y a aucun moyen de réduire ce temps sans compromettre la sensibilité du test.

Un certain nombre de nouveaux tests ont maintenant été développés dans le but de réduire le temps nécessaire à la recherche de virus, et/ou d’augmenter le nombre de tests qui peuvent être effectués avec les instruments disponibles. Une façon de réduire le temps nécessaire est de combiner les étapes du test, ou d’éliminer la nécessité d’isoler séparément l’ARN viral. Une autre façon de réduire le temps est de réduire le nombre d’étapes d’amplification, mais cela rend alors le test moins sensible.

Un autre développement intéressant est l’utilisation de « l’amplification isotherme médiée par la boucle (LAMP) ». Dans une réaction PCR normale, les échantillons doivent être chauffés, maintenus à une température élevée, refroidis, puis portés à une température intermédiaire. Ce cycle doit être répété 30 à 40 fois, ce qui prend du temps. Dans la technique LAMP, une biologie moléculaire très astucieuse est utilisée pour que la réaction puisse se dérouler à une seule température (amplification isotherme). Non seulement cette technique évite les longues étapes de cycles de température, mais elle peut également être réalisée avec des instruments plus simples. L’inconvénient est que les réactifs nécessaires sont plus complexes et que la technique est actuellement moins précise/sensible que la qPCR standard. Néanmoins, être capable de réduire le temps de test à moins d’une heure présente des avantages majeurs dans certains contextes.

Enfin, on peut considérer les aspects sociaux du test. Il est beaucoup plus facile pour les gens de fournir leurs propres écouvillons nasaux ou un échantillon de salive à tester, mais ces échantillons sont plus susceptibles d’être sujets à la variabilité et les échantillons de salive ont généralement moins de virus à tester. Cela signifie qu’une sensibilité plus élevée est nécessaire. Vous pouvez constater qu’il existe un compromis entre la rapidité, la précision et la commodité des différents tests. Différents paramètres sont plus importants pour chaque groupe de personnes. Par exemple, un test rapide pourrait être de première importance dans un aéroport, alors que la plus grande précision serait plus importante dans un hôpital.

Détection des anticorps

Il est important de se rappeler que chez tout individu, il y a un moment où le virus peut être détecté mais où les anticorps n’ont pas encore été produits, et une période ultérieure où le virus a été éliminé mais où les anticorps antiviraux restent.Bien que la réponse immunitaire comporte de nombreux éléments, la détection des anticorps spécifiques du virus est le seul moyen raisonnable de déterminer si une réponse a eu lieu. La recherche d’anticorps peut être appliquée à un grand nombre de patients relativement facilement. Les anticorps apparaissent dans le sang lorsqu’une personne se remet d’une infection. Ils peuvent également apparaître dans les sécrétions telles que la salive et les larmes, mais leur détection dans les sécrétions est plus difficile et peut être moins fiable. C’est pourquoi les tests permettent de détecter les anticorps dans le sang (sérum ; le composant liquide du sang). Le test de diagnostic des anticorps le plus couramment utilisé est le test ELISA (Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay). Comme indiqué ci-dessus, les anticorps dirigés contre la protéine spike sont les plus pertinents pour la protection contre l’infection par le coronavirus, mais les anticorps qui reconnaissent d’autres protéines virales (voir figure 2) peuvent être utilisés pour établir si une personne a déjà été infectée par le virus. Chaque test ELISA permet de quantifier le niveau d’anticorps contre une protéine virale. Par exemple, pour détecter des anticorps contre la protéine spike, la protéine spike elle-même sera utilisée comme élément de détection dans le test ELISA. Un ELISA prend généralement ~2 heures pour être réalisé, mais cela peut être abrégé sans compromettre grandement la sensibilité du test.

De nombreuses entreprises tentent aujourd’hui de développer un dispositif à flux latéral (similaire à un test de grossesse à domicile). Ces tests pourraient donner un résultat positif ou négatif quant à la présence ou non d’un anticorps reconnaissant le SRAS-CoV-2 dans le liquide à tester (par exemple, le sang obtenu par une piqûre au doigt) et ils peuvent être réalisés en moins de 30 minutes. Dans ce cas, le test permet de détecter les anticorps contre un antigène du SRAS-CoV-2, mais contrairement au test ELISA, il n’est pas quantitatif. Des tests de ce type ont été validés pour d’autres virus, mais ils ne sont normalement utilisés que dans les laboratoires. On ne sait pas encore s’il est possible de mettre au point un test pour le SRAS-CoV-2 d’une précision suffisante (septembre 2020). Pour en savoir plus à ce sujet, et pour regarder une courte animation illustrant le fonctionnement d’un dispositif à flux latéral, lisez cet article de The Conversation .

Il est important de se rappeler que chez tout individu, il y a un moment où le virus peut être détecté mais où les anticorps n’ont pas encore été produits, et une période ultérieure où le virus a été éliminé mais où les anticorps antiviraux demeurent (figure 4). Entre les deux, il existe une fenêtre temporelle limitée pendant laquelle le virus et les anticorps peuvent être détectés. Il est essentiel que la précision de tout test soit très élevée, car des résultats faussement positifs pourraient avoir de graves conséquences pour la personne ; elle penserait être immunisée contre le SRAS-CoV-2 alors qu’elle ne l’est pas.

Cet article a été mis à jour le 25/09/20 pour refléter les nouveaux développements.

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